番茄GATA转录因子的全基因组挖掘及抗逆相关基因筛选

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GATA转录因子普遍存在于真核生物中,它参与一些重要的生物学过程,例如,在植物光响应调控、细胞分裂素响应、抵抗生物胁迫及非生物胁迫、叶绿素合成以及碳、氮代谢等扮演着重要的角色,这些生物学过程与作物产量密切相关。在其他生物中有关于GATA转录因子的报道很多,然而在番茄中有关GATA转录因子的分析较少。所以本研究旨在对番茄中GATA转录因子进行全面的挖掘鉴定,通过生物信息学分析明确家族基因相关特征,对番茄抗逆相关的家族成员进行筛选鉴定,并对部分抗逆应答显著的基因进行功能验证。旨在为番茄抗逆基因的研究和利用奠定基础。具体结果如下:(1)本研究通过生物信息学的手段,鉴定获得了30个番茄GATA转录因子家族成员。这些家族成员被分为4个亚族。其中大部分成员结构保守。染色体定位分析表明,番茄GATA转录因子在番茄12条染色体上均有分布,但数量不同。(2)对第I亚族的14个番茄GATA成员进行了的组织特异性表达模式分析。结果显示,这些基因在番茄的各个组织中表达是有差异的。同一基因在不同组织中的表达量不同,不同基因在同一组织中的表达量也不相同。例如,SlGATA11基因几乎仅在花中表达。(3)本研究选取第I亚族的全部基因成员进行非生物胁迫下的表达模式。在盐处理条件下,几乎所有基因的表达量变化均不明显;在低温处理条件下,大部分基因表达量变化显著,其中SlGATA11和SlGATA26上调表达最为显著;在干旱处理条件下,SlGATA7,SlGATA2,SlGATA13,SlGATA17,SlGATA22,SlGATA11这6个基因的表达量上调。SlGATA7,SlGATA17,SlGATA22,SlGATA13和SlGATA11的表达量先升后降。(4)本研究选择了干旱胁迫应答分析中表达量变化显著且变化趋势明显相关的基因SlGATA17进行VIGS基因沉默功能验证。结果发现,SlGATA17基因的下调表达降低了番茄植株的抗旱能力。
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