现代系统科学已经发展到了研究复杂巨系统的阶段，学者们分析问题的思维方式也正从构成性思维向生成性思维转变，即由静态思维向动态思维转变。人们已不再满足于整体是由部分构成的理论之中，而是开始积极探索部分是“如何”构成整体的内在机理。越来越多的学者认为，不是部分构成了整体，而是部分生成着整体，是无生成着有，少生成着多。 我们就是立足于这一思维方式，运用系统科学的有关原理，对近几十年来被学者专家频频讨论的词——创新系统进行了生成性的初步思考：创新要素是创新系统的最基本的因素，也是生成创新系统的基本因子，复杂性和不确定性是创新要素与生具有的内在秉性，而正是这些秉性的存在才赋予了创新活动以开展的现实意义；非线性机制使得各创新要素之间产生着千丝万缕的联系，整合机制又在非线性机制的基础上进行整理、综合、融会和提升，从而实现了创新行为在效应和功能上的飞跃，形成了创新的系统效应和功能，创新行为在时间和空间上建构着系统的实践结构；创新系统化毕竟是人类的社会实践行为，在创新系统化的过程中创新主体要积极地使其具有开放性、层次性、自组织性和涌现性，这也是创新系统化的运行理念。 对创新所进行的系统生成性思考，归根究底是为了回到我国的创新系统化实践中来，是为了从系统生成的动态角度剖析我国创新系统效率低下的原因，是为了能为改善和提高我国创新系统化的运行效率提供一些理论上的建议。