随着市场经济的快速发展，中国开始逐步推进国防科研院所改革。其中，加快国防科技工业转型升级，转变传统的国防科技工业的发展方式，是改革的重中之重。在这一宏观背景下，军工事业单位企业化改革势在必行。作为航天A院的核心单位之一，总体设计部是我国国防科技产品理论研究创新、产品设计研发的重要基地，如何建立公平公正的绩效考核机制，推行现代化的管理模式是其面对的重要课题。在此背景下，本文以中国航天A院总体设计部已有的部门绩效考核体系为切入点，旨在通过完善并改进现有体系，激发部门活力，提升其核心竞争力。论文在归纳总结国内外的绩效考核体系研究的基础上，深入剖析了航天A院总体设计部现有的部门绩效考核体系，指出其仍存在系统性不强、考核指标体系不合理、缺乏绩效评价模型等一系列问题。针对这些问题，本文首先通过BSC-KPI模型建立一套全面科学的指标体系，增强绩效考核体系的系统性，进而结合不同类型部门实情运用结构方程的方法对指标体系进行了筛选优化，建立了有针对性的绩效考核指标体系。其次，本文针对体系中缺乏科学的评价模型这一问题，建立灰色模糊聚类模型用于部门绩效评价，并进行了实证分析。最后，论文基于2012年数据对同类型部门内部及不同类型部门间进行绩效考核，并对考核结果进行了分析，提出了提高部门绩效的有效策略。