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Wistar、Goto-Kakizaki(GK)、Brown-Norway(BN)及Sprague-Dawley(SD)为四种常用品系的大鼠,一般作为动物模型广泛应用于多种药物和疾病机制等研究中。遗传检测技术是实验动物遗传质量控制的重要手段之一,随着基因组学研究的不断进步,单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记逐渐被应用于各种实验动物的遗传检测中,而且相比于传统的遗传检测方法,利用SNP标记具有多种显著优势,因此,在大鼠的遗传控制检测中SNP可成为理想的遗传标记。本研究基于高通量测序技术、生物信息学分析技术、一代测序技术及DNA混合池法开发出了两组不同用途的SNP遗传标记,具体内容包括:(1)首先对Wistar大鼠和GK大鼠进行全基因组重测序,利用生物信息学技术将重测序结果比对到BN大鼠参考基因组,筛查到Wistar大鼠和GK大鼠基因组范围内的特异性SNP。Wistar和GK大鼠分别得到94800和106019个纯合特异性SNP,其中有56216个SNP为Wistar和GK大鼠所共有,且发现BN大鼠参考基因组、Wistar大鼠和GK大鼠三者基因型互不相同的位点仅有38个,从中挑选了15个作为第一组候选SNP位点(Panel1)用以鉴别大鼠品系。另外,对于检测出的杂合SNP,在每条常染色体随机挑选1~2个组成了28个SNP作为第二组候选位点(Panel2),用以评估大鼠群体的遗传多样性。(2)利用一代测序技术对第一组候选SNP位点及其上下游进一步筛查,最终得到的13个可用于快速鉴别Wistar、GK、BN和SD四种品系大鼠的SNP标记,分别命名为SNP4、SNP5、SNP6、SNP9、SNP12、SNP13和SNP14、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21,其中,SNP13可以直接鉴别出Wistar、GK、BN和SD四种大鼠,SNP16和SNP17可直接鉴别出SD大鼠,SNP18和SNP19可直接鉴别出GK大鼠,SNP20和SNP21可直接鉴别出BN大鼠,而SNP4、SNP5、SNP6、SNP9、SNP12和SNP14可以鉴别出GK和BN大鼠。且利用DNA混合池法扩大样本验证了这些位点在群体中的多态性情况。(3)利用DNA混合池法对第二组候选SNP位点及其上下游进一步筛查,最终得到的25个可用于评估这四种大鼠的杂合性和遗传多样性的SNP标记,分别命名为snp3、snp4、snp6、snp7、snp8、snp11、snp12、snp13、snp16、snp17、snp18、snp21、snp25、snp26、snp27、snp28、snp29、snp30、snp31、snp32、snp33、snp34、snp35、snp36、snp37,并分别估算出了这25个SNP在每个品系大鼠中的等位基因频率,利用每个品系大鼠在这些位点的基因频率可以评估大鼠群体的遗传多样性。