银行业是我国金融业的核心组成部分，随着外围经济形势的变化及银行业竞争的加剧，无论是对于应对全球金融风险还是来自国外银行业的竞争，效率的作用更加凸显出来。考虑以上因素，本文以我国27家商业银行2005-2011相关数据为样本，运用非参数DEA模型的Malmquist全要素生产率指数法，测算了我国大型国有、股份制及城市商业银行2005-2011年的全要素生产率，并对我国银行业的全要素生产率的跨期变动及影响因素做了对比分析。该文章首先利用非参数DEA模型的Malmquist全要素生产率指数法测度了我国银行业的全要素生产率的大致状况。测度结果表明，我国银行业的全要素生产率大体趋势较好，出现了好转的趋势，主要得益于纯技术效率的改善。但是在2008-2009年，由于受美国次贷危机和欧洲债务危机的影响，出现了萎缩的局面，其中城市商业银行受影响较大。其次对影响我国银行业的全要素生产率的因素作了初步判断，基于面板数据模型,运用OLS回归模型，把三类银行的全要素生产率作为因变量，以外资银行所占比重、实际GDP增长率、普通股权益负债比、全社会固定资产投资增长率、市场份额及银行规模作为自变量，对影响我国三类银行全要素生产率的因素作对比分析，最后根据研究结果，提出提高我国银行业全要素生产率的建议。