季节性流感是严重的公共卫生问题,在全世界造成了高致病率和高死亡率。每年季节性流感相关死亡人数估计为291,000～645,000。在过去100多年中,全球爆发了 4次甲型流感大流行,每一次都导致上百万人死亡。其中2009年后,猪来源的三重重组甲型H1N1流感病毒(A/H1N1pdm)由墨西哥起源并迅速向全球传播,造成极大的恐慌。目前,甲型流感病毒的两个亚型(A(H1N1)和A/H3N2)以及乙型流感病毒的两个谱系(Victoria和Yamagata)是造成季节性流感流行的主要来源,并且经常共同传播。A/H1N1pdm自2009年传入中国以来,A/H1N1pdm病毒迅速传播并取代了以前的季节性流感病毒A(H1N1)。为了表征该病毒持续进化和全国传播动力学,本研究共收集了上海市1205份流感样症状的病人样本,通过一步法荧光定量PCR鉴定甲型和乙型流感病毒的阳性样本。然后在甲型流感样本中随机挑选了 99份进行扩增子文库建库和高通量测序,获得了 66条甲型流感A/H1N1pdm病毒序列和33条H3N2病毒序列,将测序结果上传到GISAID数据库。从GENEBANK和GISAID数据库中下载了所有具有明确采样日期和地点的序列,并去除100%完全相同的重复序列。最后,我们分析了中国地区的A/H1N1pdm毒株的335条完整基因组,1259条HA基因和1043条NA基因序列。通过jmodeltest分析筛选出最合适的核算替代模型,接下来进行正选择分析和贝叶斯方法进行时间和空间动力学进化分析。我们发现A/H1N1pdm毒株的dN/dS值和相对遗传多样性从2009～2017年间逐渐下降,随后在2018～2019年间迅速上升。其中在2018～2019年间,我们在A/H 1N 1 pdm和A/H3N2病毒以及乙型流感病毒的两个谱系(Victoria和Yamagata)中观察到相对遗传多样性的升高,表明这些病毒发生了同步变异,而且这些季节性流感病毒遗传多样性的同步变化可能与2018～2019年中国爆发的季节性流感大流行有关。沿着HA和NA系统发育树的主干,我们分别发现了 15个固定的氨基酸突变位点,其中一些氨基酸突变位点位于抗原结合位点或受体结合位点。在2009～2016年间,我们观察到了循环的A/H1N1pdm毒株中相对于A/California/07/2009疫苗株连续累积的氨基酸突变位点,而且在新疫苗发布不久后的2017年,新遗传变异株迅速积累了相对于A/Michigan/45/2015疫苗株的氨基酸突变位点。在2009～2019年间,A/H1N1pdm谱系多次传入中国,并发现华东和华南是该病毒在全国范围迁移的两个主要震源中心。总之,这些数据为了解A/H1N1pdm病毒的进化、流行病学和传播提供了重要的证据和理解,并强调了加强华东和华南地区流感监测的重要性。