金小蜂bHLH转录因子家族成员的鉴定与分析

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碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix,b HLH)基序是蛋白质中高度保守的可以结合DNA的结构域。含有b HLH基序的蛋白质组成了一个转录因子超家族,其家族成员广泛存在于动、植物以及真菌等真核生物中,在细胞增殖与分化、神经细胞产生和性别决定等一系列重要发育过程中发挥调控作用。b HLH基序长约60个氨基酸,含有一个碱性区域(用于结合DNA)和由一个不定长度的环状区域连接的两个螺旋区域(促进二聚化)。动物b HLH转录因子根据其功能特征被分成45个家族,而这45个家族中的b HLH转录因子又根据其自身结构特点和所作用的DNA元件被分为A、B、C、D、E和F六个高阶组(high-order group)。金小蜂(jewel wasp,Nasonia vitripennis)属于膜翅目昆虫,为寄生蜂,是农作物害虫的天敌。此外,金小蜂也是一种重要的昆虫模式生物,在复杂特征分析、发育遗传学、进化遗传学等研究中得到广泛应用。弄清金小蜂中具有哪些b HLH转录因子家族成员将有助于深入了解金小蜂生长发育过程以及特殊生理生化特征产生的机理。本研究运用Blast搜索、多序列比对、系统发生分析等生物信息学手段对金小蜂基因组中编码的b HLH转录因子家族成员进行了全面的鉴定与分析,获得了如下结果:1、从金小蜂基因组内成功地鉴定出了48个b HLH家族成员,根据组内进化分析结果将这48个b HLH家族成员归入了36个家族和6个高阶组,其中A、B、C、D、E和F六个组中分别有19、12、9、1、6和1个成员。2、蛋白质数据库搜索显示,在鉴定出的48个金小蜂b HLH家族成员中,有21个成员的注释与本研究结果一致,有17个成员的注释与本研究结果不一致,8个成员注释为预测蛋白,2个成员没有注释。因此,本研究为27个金小蜂b HLH家族成员蛋白序列进行更为准确的注释提供了有用信息。3、通过与其它昆虫中b HLH家族成员的分布情况进行比较,发现金小蜂中在Net、Myo Ra和PTFa三个家族中没有b HLH成员,而其它十种昆虫在这三个家族中都有一个甚至两个成员。这些b HLH家族成员的缺失是否与金小蜂的独特生长发育过程有关有待进一步探讨。4、运用电子克隆方法绘制出了29个金小蜂b HLH基因的结构图,其中19个基因的结构较为完整,主要是有转录起始位点但没有poly(A)尾;剩余的10个基因的结构是不完整的,主要是没有转录起始位点和poly(A)尾。本研究所获得的结果为今后进一步研究b HLH转录因子在金小蜂生长发育中的调控机理提供了有用的背景资料,也为开展不同昆虫b HLH基因结构与功能的比较研究打下了良好基础。
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