自主创新是一个地区经济可持续发展的原动力。随着全球经济的快速化增长,提高自主创新能力己经成为调整经济结构,转变增长方式、提高国家和区域竞争力的重要环节;如何提高区域自主创新能力以及如何构建区域创新系统已成为各个国家和区域所期待解决的问题。新疆维吾尔自治区简称新疆,位于中国西部,面积166万平方公里,占中国国土总面积六分之一,是中国陆地面积最大的省级行政区。近年来,新疆区域经济实现了平稳快速增长的好现象,但是从深层次来看,这种增长主要依靠资本、劳动力、资源等要素,缺乏可持续发展的深层动力。因此,要想在现在的区域经济竞争中占领先机,加快从资源大省向经济强省的转变,实现新疆区域经济社会的全面协调发展,不断提高区域自主创新能力。本文首先对有关区域自主创新能力文献研究的基础上,提出了此文章的选题背景,意义,研究内容,研究方法,创新点及不足之处,分析了创新,自主创新,自主创新能力等方面的科学内涵,并认定了自主创新才是有助于我国经济可持续发展的原动力的实事;其次,本文基于对区域自主创新能力内涵的界定,在借鉴和研究现有评价指标体系的基础上,运用定性与定量相结合的方法,构建了适于评价新疆区域自主创新能力的指标体系(共4层22个指标);再次,本文结合构建的评价指标体系,采用主成分分析法(PCA)对新疆的区域自主创新能力进行了实证研究,并做了纵向比较分析;运用集对分析法(SPA)对西部地区12个省级行政区2013年的自主创新能力进行了综合评价,并做了横向比较分析。评价结果表明,新疆的区域自主创新能力近年来得到了较快的发展和提高,但与发达省份相比,仍然存在着较大的差距,在西部地区位局第八位。最后,本文借鉴和利用国内外相关区域自主创新能力方面的经验和理论知识,在前面的评价结果分析过程中发现了几个问题,并提出了若干个提升新疆区域自主创新能力的对策建议。