在经济发展中,人们为了片面追求经济的高速增长,只注重流域的经济效益,却忽视了流域的生态效益。过度开发利用流域生态资源,容易导致流域内生态功能退化。保护好流域生态系统显得刻不容缓。本文以流域生态红线制度的内涵为切入点,通过分析流域生态红线在划定、保护措施以及违反流域生态红线法律责任等具体实际工作中存在的问题为导向,对流域生态红线制度提出完善建议。就流域生态红线的划定,分析了流域生态红线划定的主体、标准和划定过程中存在的问题。由于流域系统的特殊性,增加流域管理机构作为流域生态红线的划定主体,完善流域生态红线的划定标准,并在划定红线过程中考虑流域各地区之间的利益协调,进一步明确流域生态红线的划定程序。就流域生态红线的保护措施,在流域生态红线制度的实施中存在红线监管割裂生态系统完整性,缺乏统一监测标准,缺乏公众参与和生态红线补偿激励措施单一等系列问题,通过整合流域跨区域监督管理力量,构建流域环境统一监督管理和综合执法机构、建立监测监察联合协作机制,完善公众参与制度,运用市场化机制对生态补偿制度进行完善。就流域生态红线制度的法律责任,分别从民事、行政和刑事三方面进行论述,在民事责任方面建议提高民事赔偿数额和补充惩罚性赔偿责任;在行政责任方面确立无过错责任为例外、细化行政自由裁量标准以及提高行政罚款数额;在刑事责任方面建议在刑事责任中增设无期徒刑,提高有期徒刑上限,补充非刑罚措施。