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本研究基于双拟测交(two-way pseudo-testcross)策略构建了美洲黑杨‘I―69(’Populus. deltoides)×欧美杨‘I―45’(P. euramericana)F1群体分子标记遗传连锁图谱。母本‘I-69’图谱包括462 个标记(164 个SSR、206 个AFLP、83 个RAPD、2 个SNP、6 个ISSR标记和1 个性别分化标记)。共建立29 各连锁群,连锁群图距从9.2 cM~153.9 cM,平均每个连锁群长度60.4 cM;标记间距平均4.04 cM,最大间距21.8 cM,总图距1751cM。父本‘I-45’图谱有包括367 个标记(153 个SSR、142 个AFLP、61 个RAPD、10 个ISSR标记和1 个性别分化标记),共建立28 个连锁群。连锁群图距从11.3 cM~142.6 cM,平均每个连锁群长度58.3 cM;标记间距平均4.83 cM,最大间距22.3 cM,总图距1634cM。基于两图谱之间147 个同源位点,利用JoinMap 软件将亲本图谱进行整合。整合图谱包括652 个标记(225 个SSR、288 个AFLP、120 个RAPD、16 个ISSR、2 个SNP 和1 个性别分化性状),共获得20 个连锁群,最小连锁群25.9cM,最大连锁群图距222cM,平均连锁群图距109.4cM,总图距2078cM;连锁群标记数15～55 个,平均每个连锁群34.3个标记。标记间平均图距3.15cM,最大标记间图距24.8cM。通过110 个同源SSR标记与毛果杨×美洲黑杨(P. trichocarpa×P. deltoides)图谱比较分析,揭示19 对同源连锁群,各个同源连锁群之间存在良好的共线性关系。利用图谱定位了水培和循环营养液培养条件下12 个与生根性状相关的QTLs,并揭示QTLs 位点在根系生长过程中的表达变化过程。定位了3 个杨树抗黑斑病QTLs 位点,并根据杨树基因组序列,共筛选到19 个与抗病相关的候选基因。本研究还首次报道了林木SNPs 标记的开发工作,证明利用公共EST数据开发杨树SNPs 标记是可行的,并成功将2 个SNP 标记定位在遗传图谱上。