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温州沿海岛屿众多,水文环境复杂,潮间带生物种类丰富,其中日本花棘石鳖(Liolophura japonica)、疣荔枝螺(Reishia clavigera)、嫁（虫戚）(Cellana toreuma)为常见种,在潮间带生物群落中起着重要作用。对这些潮间带物种的遗传结构和遗传多样性进行研究,将有助于潮间带生物资源的合理保护和开发。本研究采用了线粒体COI基因和16S rRNA基因对这三个常见种进行了遗传结构和遗传多样性的全面分析,主要研究研究结果如下:(1)本研究从日本花棘石鳖13个群体获得长度为675 bp的COI基因序列和长度为517 bp 16S rRNA基因序列,COI基因总多态位点数为41个,单倍型多样性指数和核苷酸多态性分别为0.847和0.00601,平均核苷酸差异数为4.0578;16S rRNA基因的总多态位点数为9个,单倍型多样性和核苷酸多态性分别为0.665和0.00169,平均核苷酸差异数为0.8712。单倍型网络图显示,不同地理群体单倍型散乱分布,未出现地理类聚现象,表明温州沿海岛屿的日本花棘石鳖还没有明显的群体分化与地理隔离。(2)本实验获得158个疣荔枝螺个体,进行COI和16S rRNA基因片段序列测定,获得672 bp的COI基因序列和519bp的16S rRNA基因片段。COI基因共检测到简约信息点57个,单突变位点51个。核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.0080和0.978,平均核苷酸差异度为5.328。16S rRNA基因检测到简约信息点和单突变位点分别为13和16,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.753和0.0026。基于单倍型构建的发育拓扑树单一,各个岛屿的疣荔枝螺存在基因交流。(3)本研究共获得嫁（虫戚）120条长度为为671 bp的COI基因片段和122条长度为505bp的16S rRNA基因序列。COI基因片段检测到10个单突变位点,单倍型多样和核苷酸多样性分别为0.145和0.0003,定义了10个单倍型。16S rRNA基因片段经有一个碱基缺失位点,单倍型多样性为0.096,核苷酸多样性为0.0002。5个变异位点定义了6个单倍型,单倍型1是主要的单倍型,占全部个体的95.1%。本研究中COI基因和16S rRNA基因,Tajima’s D值都小于0,并且差异性显著(P<0.01),该结果表明嫁（虫戚）历史上经历了扩张事件。根据以上实验结果,我们可以发现温州岛屿日本花棘石鳖、疣荔枝螺和嫁（虫戚）总体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,符合海洋生物的遗传特性。尽管三种物种遗传多样性高,但是近年来海洋生物栖息地受到人类的干扰,受威胁程度增加,种群的多样性保护应引起我们关注。