本文梳理崔永元和方舟子关于转基因食品是否安全(以下简称“崔方之争”)的全过程,以全球最大的中文新闻系统百度新闻为平台,以微博、网站和纸媒这三种媒介为载体,探讨自媒体时代下媒介呈现嬗变机理,洞悉争议性事件媒介呈现的脉络与规律,力图从宏观、中观和微观三个层面给予正确的特点认知;获取争议性事件媒介呈现的问题,为以后更好地呈现争议性事件提供科学论证,同时也为争议性事件媒介呈现的改进策略做出点滴贡献。统计结果表明,媒体对于“崔方之争”的呈现具有鲜明的特点。宏观层面特点有:在传播路径中,事件发展的四阶段分工不同;在报道媒体中,网站报道最多,微博报道最少;在消息来源中,意见领袖最多,消费者较少。中观层面特点有:在报道信息量中,报道数量和争议热度基本平行;在报道主题中,报道主题和争议的发展相吻合;在报道倾向中,负面报道最多,正面报道最少。微观层面特点有:在新闻标题中,消极类标题最多,积极类标题最少;在新闻文体中,消息最多,通讯较少;在报道平衡中,中立派占主流,“挺转派”和“反转派”平分秋色。研究过程中发现,百度新闻“崔方之争”的媒介呈现存在四大不足:一是“伪中立”的报道原则;二是娱乐化倾向严重;三是解决争议效果较差;四是假新闻频发。鉴于上述不足,本文给出四点改进措施:一是充分反映各方争议诉求,构建公共传播环境;二是加强网民媒介素养,净化争议环境;三是培养意见领袖,承担社会责任;四是加强新闻工作者媒介自律,杜绝假新闻。