民事诉讼另案处理的合理性在于防止片面追求合并审理导致诉讼审理内容的过分膨胀,在法官面对一些关联性较弱、无需合并的案件时,不会被当事人合并起诉等行为所桎梏,显现出诉讼指挥的变通性。但是在我国的司法实践中,民事诉讼另案处理异化成为一种法官回避裁判的表现,并与裁定不予受理或裁定驳回起诉相结合,其做法并未显现出另案处理的正面价值,反而额外增加了诉讼程序和诉讼成本,严重扭曲了这一制度的正当性。当前我国立法尚未明确规定另案处理制度,其内容仅散见于一些司法解释中,导致无法形成完整的制度体系,出现了适用标准和分案裁量程序缺失、法官诉讼指挥权保障不足等问题,造成民事诉讼另案处理适用的乱象。因此,完善这一制度应当首先完善相关立法,同时建立诉的强制合并制度;通过诉讼要件、合并要件以及迟延风险来界定另案处理的适用标准;明确分案的裁判程序或激活运用先行判决程序,严格限制以“另案处理”代替先行判决;加强诉权的制约以及审判权的正确行使,以矫正裁量权的滥用。通过对民事诉讼另案处理问题的研究,有助于激发法官诉讼指挥权的积极性,从而更好地加快案件审理、维护当事人的正当诉权,以期完善我国的民事诉讼制度。