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产学研合作是提高国家科技创新水平以及提升国家综合竞争能力的重要途径。在人类的经济发展方式开始由工业经济逐步向知识经济转变的今天,产学研合作系统的内部结构以及所处的外部环境正在经历阶段性的转变,复杂性日益凸显。本文希望通过对产学研合作历史与现状的分析,找到各阶段产学研合作的特点,理清其发展的规律,结合当前时代特征,建立完善的产学研合作管理运行机制,促进产学研合作的可持续发展。本文主要涉及以下几个方面内容:(1)通过对国内外产学研合作发展历史的回顾,总结出各个历史时期产学研合作的特点,并对产学研合作系统的发展过程进行了阶段划分,从多学科角度分析了各个阶段演变的机理。利用复杂适应系统理论,对复杂协同网络下的产学研合作进行了复杂适应性分析。(2)利用博弈论对一般产学研合作模式进行了分析,利用演化博弈理论对产学研合作联盟内部的稳定性演化过程进行了分析,并创新性的建立了中介管理组织参与下产学研联盟合作的演化博弈分析模型,总结出了影响产学研合作策略选择及总体效用的主要因素,并且提出了通过运用纳什讨价还价解与Shapley值法解决产学研合作中利益分配问题的方法。(3)从中介组织管理以及合作主体相对生产有效性两个角度,对复杂协同网络下的产学研合作组织进行了绩效评价机制的研究,基于模糊层次分析法建立了管理组织角度下的产学研合作组织绩效评价模型,基于区间数据包络分析法建立了组织相对生产有效性效度下的产学研合作组织绩效评价模型。(4)从风险评价、风险控制与风险交流三大方面着手,针对复杂协同网络下的产学研合作项目的特点,建立了风险管理模型,明确了产学研合作风险管理的流程与各个组成部分间的作用关系。(5)通过引入天津市大学软件园的实例,对全文所提出的观点以及建立的机制模型进行了实例验证与应用研究,最后提出了大学软件园发展的建议与对策。