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本研究将耐盐的野生醋栗番茄PI365967和模式栽培品种Moneymaker配制杂交组合，再通过F1代自交，获得了F2代。对F2代分离群体(224个单株)，田间进行了不同性状的调查，为构建重组自交系和渐渗系永久型群体打下了基础。对F2代分离群体(120个单株)利用SSR和CAPS两种特异PCR分子标记技术，进行标记分析，构建了分子遗传连锁图，并在此基础上对番茄苗期耐盐性进行了QTL定位。本研究得到的结果如下：
(1)对F2代分离群体，验证了其中一些质量性状符合孟德尔遗传规律的3：1的分离比例，一些质量性状和数量性状不符合上述遗传规律。
(2)从114对SSR引物组合中筛选出具有多态性的引物组合59对，多态性引物的比例为52.6％。59对引物共检测到144个位点，其中有140个位点表现多态性，多态位点比率为97.2％。从317对CAPS引物组合中筛选出具有多态性的引物组合36对，多态性引物的比例为11.4％。36对引物共检测到89个位点，其中有76个位点表现多态性，CAPS引物的多态位点比率为85.4％。
(3)选择扩增多态性条带较明显，较亮的具有多态性的SSR引物组合46对和CAPS引物组合9对在F2代群体中进行耐盐性抗性标记分析，得到55个多态性标记的统计数据，构建了一张有44个分子标记的番茄分子连锁图，其中38个为SSR分子标记，6个为CAPS分子标记。图谱覆盖长度为563cM，每个连锁群长度在9～94cM之间，标记间平均图距为12.8cM。
(4)番茄苗期耐盐性鉴定证明来自醋栗番茄PI365967耐盐位点呈数量性状分布。
(5)在第1条染色体上检测到1个耐盐的QTL位点，这个QTL位点的LOD值为2.17，距离最近的标记SSR9为10cM，在连锁群上的支持区域是0～33.7cM，贡献率为16.7％。
本试验的研究结果为开展番茄耐盐性分子标记辅助育种提供可参考的标记，为加快番茄耐盐优良品种的培育提供可参考的途径。