技术创新行为的外部性导致市场失灵，政府科技补助作为一种重要的政府宏观调控政策工具，在促进企业自主创新与科技进步方面发挥了重要的作用。中国政府一直对腐败保持高压态势，尤其是十八大以来，把反腐败斗争推向纵深发展，反腐败向着制度化、法制化发展，必将对政府科技补助政策效应产生影响。因此，立足于反腐败的现实背景，将反腐败纳入政府科技补助影响企业创新绩效研究框架，研究反腐败在政府科技补助影响企业创新绩效中的作用，对于实施政府科技补助政策及加强公司治理具有重要意义。　　首先，本文运用政府干预理论、信号传递理论、寻租理论和资源基础理论，分析了科技补助中的政府干预行为机制；分析了政府科技补助向外界传递的资源获取与政治联系信号机制；分析了企业通过寻租获取政府科技补助的行为，以及反腐败在政府科技补助影响企业创新绩效时的作用机制。其次，结合中国财政分权制度、政府科技补助制度以及反腐败制度，分析了政府科技补助具有腐败寻租的可能性，以及反腐败制度对政府科技补助环节寻租成本的影响。最后，以2009-2015年间沪深A股制造类上市公司为样本，实证分析了反腐败在政府科技补助影响企业创新绩效中的作用，并结合制度环境和企业特征，进一步深入探讨反腐败对政府科技补助政策效应的影响规律，研究发现：（1）政府科技补助对企业创新绩效有显著的促进作用，反腐败制度使政府科技补助实现了合理配置，强化了政府扶持对企业创新绩效的促进作用。（2）相对于中央政府科技补助，反腐败在地方政府科技补助促进企业创新中的正向作用更显著；在市场化程度较高地区，反腐败在政府科技补助促进企业创新中发挥了显著积极作用；无论经济上行期还是经济下行期，反腐败均进一步强化了政府科技补助对企业创新绩效的正向作用。（3）相对于非政治关联企业，反腐败在政府科技补助与政治关联企业创新关系中发挥了显著促进作用；相对于国有性质企业，反腐败强化了政府科技补助对非国有性质企业创新绩效的促进作用；相对于自主研发投入相对高企业，反腐败在政府科技补助与自主研发投入相对低企业创新关系中发挥了显著积极促进作用。　　在上述研究结论基础上，为提高政府科技补助政策的效果，提出继续完善反腐败制度，创造补助资源配置公正环境；建立政府科技补助信息披露制度，提高政府科技补助透明度；弱化政府科技补助行政干预，营造公平市场环境；建立政府科技补助审计机制，加强补助资源配置监督的政策建议。