链霉菌是一种革兰氏阳性细菌，具有复杂的生活周期和产生多样的次级代谢产物，其中目前已知的70％的抗生素都是由链霉菌产生的。　　模式菌株天蓝色链霉菌具有至少四种甲基化依赖型的限制系统，使外源甲基化DNA难以进入宿主，对链霉菌的研究造成了障碍。　　我们发现位于天蓝色链霉菌基因组岛Gi-12上的sco5333基因是一个IV型限制性内切酶基因，其表达载体DNA不能转入含有Dcm甲基化修饰的大肠杆菌中；当大肠杆菌含有sco5333基因时，携带dcm基因的外源DNA进入该宿主的效率同样下降90%以上。　　Sco5333包含N端的SRA(SET-and RING-associated domain)结构域和C端HNH模体。该HNH模体还偶联一个组成为CX2CX36CX2C的典型锌指结构。　　点突变分析证明Sco5333的体内限制活性需要SRA与HNH共同作用。在体外SRA结构域负责结合5-甲基胞嘧啶DNA，HNH模体负责DNA的切割。　　Sco5333在体外能够结合Dcm甲基化的pUC18质粒DNA，而对非甲基化DNA没有结合。进一步研究发现Sco5333对M.AluI，M.HhaI,　　M.HpaII，M.MspI，CpG，GpC及Dcm等7种DNA甲基转移酶修饰的219 bp DNA分别都能结合。对一段55 bp DNA上5mC两侧的碱基进行饱和突变发现：Sco5333对含有5mC的所有全甲基化、半甲基化的DNA，以及含5mC的单链DNA均能结合。　　Sco5333在体外对pUC18质粒DNA有非常微弱的切割活性，且其切割没有甲基化特异性及序列特异性。　　Zn2+能够显著增强Sco5333对5mC DNA的结合，并能抑制Sco5333在Mg2+，Mn2+存在下的切割活性。把锌指结构破坏后的点突变蛋白　　Sco5333C252D的切割活性明显增加，且在Zn2+存在下也有微弱活性，但Sco5333C252D在Mg2+，Mn2+存在下的切割活性仍能被Zn2+抑制。我们讨论并提出了Zn2+可能影响Sco5333结合及切割DNA的模型。　　最后我们考察了sco5333所在的基因组岛Gi-12的可移动性，证明它是一个携带IV型限制系统的放线菌整合型接合元件(AICE)。　　我们鉴定了Sco5333是一个IV型限制性内切酶，并研究了它对5mC DNA的结合及切割特性，为天蓝色链霉菌多重限制系统的进一步研究打下了良好的基础。Sco5333具有相当高的5mC序列识别宽泛性及对非5mC序列的不敏感性，并且对DNA切割活性很低，因此具有成为5mC DNA富集工具酶的潜力，有希望应用于表观遗传学及癌症发生等研究领域中。