知识经济时代，创新活动的地位日益凸显，高技术产业的技术性和创新性等特点，契合了全球经济的整体发展趋势，大力发展高技术产业，积极支持自主创新，为我国经济发展方式的转变、产业结构的升级和创新型国家的建设提供了重要作用。近年来，随着三资企业数量和整体创新投入的不断增加，高技术产业的发展日益错综复杂。因此，研究产业内创新资源的分配，分析三资企业和国有企业的创新效率等问题逐渐成为关注焦点。　　 本文在结合国内外关于产权结构与效率关系的基础上，从企业性质角度出发，分析了三资企业和国有企业当前的创新行为，采用三阶段DEA模型和固定效应模型，对高技术产业中4个大行业和8个子行业1998-2009年的创新效率进行了四阶段的测评，比较了不同性质企业之间的真实效率差距。实证结果表明:高技术产业中国有企业的创新表现优于三资企业，更具有创新性;三资企业和国有企业的创新均在不同程度受到了政府资助、行业人员素质、行业研发氛围、行业硬件基础和平均企业规模等环境变量的影响，纯技术效率面临不利环境，规模效率面临利好环境;三资企业和国有企业的纯技术效率基本持平，主要差距来源于规模效率，并且三资企业对国有企业的规模效率有正向的溢出效应;三资企业和国有企业的创新效率均较低，且并不存在改善迹象，相应的创新投入没有产生足够的创新产出，尤其是国有企业的效率损失较大，资源浪费现象相当严重。