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瓯柑(Citrus suavissima Hort. ex Tanaka)是浙江南部最具特色的地方柑橘栽培品种,青瓯柑是于2005年所发现的普通瓯柑芽变新种类,但目前尚无可用于早期鉴别的特异分子标记。杨梅(Wyrica rubra Sieb. et Zucc., Myricaceae)是原产我国的特产果树,我国有着丰富的资源,但其可用的多态性cSSRs (cDNA-SSRs)比较缺乏。为此,本研究旨在开发青瓯柑特异S-SAP标记以及建立基于转录组的杨梅多态性cSSRs标记的筛选策略。研究取得了以下主要结果。1、对经典S-SAP标记技术做了调整,建立了瓯柑EcoR I单酶切S-SAP标记技术体系,并且从EAT和C12选择性扩增产物中,筛选出了一条长约250bp特异于青瓯柑的S-SAP标记。对该标记条带进行了克隆测序,确定其长度为247bp该标记十分稳定,可以直接用来证明青瓯柑是普通瓯柑的真实芽变。该标记相应的EcoR I单酶切S-SAP标记技术分析体系,也能够为青瓯柑新品种审定和种苗鉴定提供技术支持；该技术体系也可以为其他果树同类研究提供技术参考。同时,本研究也克隆出了4条瓯柑的RNaseH-LTR片段序列,可用于近缘柑橘种类品种的S-SAP分析研究。2、从杨梅‘荸荠’转录组的UniGenes序列鉴别出了6883个cSSR位点,相应的cSSR位点分布频率为1个cSSR位点/3.2Kb。在所有cSSR位点当中,重复序列长度小于或等于12bp cSSR位点约占58%,14-22bpcSSR位点约占35%,等于或长于24bp的cSSR位点约占7%；二核苷酸和三核苷酸cSSR位点是主要类型,两者所占比例超过75%,AG/CT和AAG/CTT分别在二核苷酸和三核苷酸cSSR位点中所占比例最高,同其他类型cSSR位点一样,它们的数量随着重复次数增加而减少。在所有杨梅转录组cSSRs中,有594个复合cSSRs,其约占总cSSRs的10%。杨梅转录组上有5914cSSRs被系统地分为11类。此5914cSSRs共包含6330个cSSR位点,占杨梅转录组总cSSR位点数的92.0%。3、基于11类cSSRs的多态性比较分析,本研究设计出了杨梅转录组多态性cSSRs标记筛选的策略。该策略为：首先,优先选取2-ntL、Compound B、 Compound A cSSRs和Compound D这四类cSSRs进行筛选多态性cSSRs;其次,从3-ntL中,可以快速获取大量的多态性cSSRs;此外,2-ntM cSSRs可以用于从中筛选出多态性水平较高的cSSRS。采用此策略,可以大大地提高杨梅转录组多态性cSSRs标记筛选的效率,为大量筛选多态性cSSRs标记提供很大便利。4、本研究也获得了109个杨梅多态性cSSRs标记,其能够产生389个等位基因(多态性比率为93.8%)。利用这些cSSRs标记,进一步确认了部分杨梅样品的遗传关系。这109个cSSRs标记,可以作为杨梅分子遗传育种的一项重要研究资源。