目的:水蛭是我国传统中药,具有非常好的活血化瘀作用,被广泛应用于心脑血管疾病的治疗。本文以广泛分布于海南的水蛭品种菲牛蛭为研究对象,研究海南菲牛蛭的抗凝血酶作用并分离其抗凝成分,结合质谱鉴定与转录组生物信息学分析,为海南菲牛蛭品种开发提供理论及研究依据。方法:1、应用凝血酶滴定法,比较了菲牛蛭不同部位（头部、全体）抗凝活性大小、不同提取方法（丙酮法、水提醇沉法、盐提法、水提法）及不同分子量的超滤膜（3k、10k、30k）对菲牛蛭抗凝活性的影响,并对滴定检测方法进行了讨论优化。2、通过盐提法、膜超滤法、凝胶柱层析及高效液相色谱法进行海南菲牛蛭中抗凝成分的提取分离,并用LC-MS/MS质谱进行检测,与蛋白Uniprot数据库进行搜索对比。3、选用2份海南菲牛蛭与2份日本医蛭样本,进行RNA-seq测序,并将测序得到的Unigene构建转录组测序文库及进行菲牛蛭抗凝基因预测,与分离得到的抗凝活性峰的质谱鉴定结果进行比对分析,对Unigene蛋白编码区GO、COG和KEGG进行分类,给出功能注释和Pathway注释。结果:1、应用凝血酶试管滴定法,以菲牛蛭头部为材料进行0.9%生理盐水盐提测得的抗凝活性最高,达1811.11 U/g,RSD 1.84%,选择10 k D和30 k D的超滤膜进一步分离得抗凝多肽分子量约为15.96 k D,比活为161.31 U/mg。2、利用Sephadex G-50凝胶柱过滤菲牛蛭粗提物,再经C18柱HPLC纯化分离得到两个活性峰,经LC-MS/MS质谱检测,活性峰1匹配上Uniprot蛋白数据库中5个蛋白,活性峰2匹配上Uniprot蛋白数据库中3个蛋白,但蛋白得分均较低。3、共获得菲牛蛭序列数39953256条,组装得到Unigene 40650条,平均基因长度987nt,N50长度1948nt;日本医蛭序列数40239948条,组装得到Unigene 40623条,平均基因长度957nt,N50长度1876nt。根据数据库预测得到一条83个氨基酸的菲牛蛭抗凝基因,与HM1相似比为81.707%。菲牛蛭分离得到的活性峰1匹配上菲牛蛭转录组预测基因库中2个Unigene。根据KOG功能,菲牛蛭与日本医蛭转录组中的Unigene均可分为25类;根据GO功能,二者均可分为三大类:生物过程、细胞组分和分子功能;基于KEGG数据库,菲牛蛭转录组中的数据可依据代谢通路分为6个类别、34个亚类、384个KEGG通路,日本医蛭转录组数据可分为6个类别、33个亚类、379个KEGG通路。结论:海南菲牛蛭具有很好抗凝血酶作用的抗凝成分,本实验从菲牛蛭头部分离出两个抗凝活性峰,经质谱检测后,1号活性峰在Uniprot数据库中匹配上5个蛋白,2号活性峰在Uniprot数据库中匹配上3个蛋白,蛋白得分均较低。通过高通量测序技术对菲牛蛭与药典品种日本医蛭的转录组进行了测序和分析,表明菲牛蛭与日本医蛭在生物学上具有一定的一致性,为菲牛蛭品种抗凝成分的开发利用及水蛭来源的进一步替代研究提供了丰富的数据资源。