谷子SBP基因家族的鉴定及特征分析

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SBP蛋白是高等植物和低等植物在生长发育和逆境环境应答中起重要调控作用的转录因子。谷子是禾本科C4植物,基因组较小(510 Mb),目前谷子中已报道不少转录因子基因家族并完成鉴定和功能分析,但对于SBP基因家族的鉴定和功能分析还尚未见研究。本研究以豫谷1号为材料,鉴定谷子SBP基因家族成员,分析谷子SBP蛋白理化性质和系统发育,并利用RT-qPCR对谷子SBP家族基因在PEG和ABA胁迫下进行表达分析。本研究为SBP基因家族在谷子生长发育及逆境应答方面的功能研究提供了理论依据,也为谷子功能基因的挖掘利用奠定基础。主要研究结果如下:1、在谷子全基因组水平共鉴定出19个SBP基因,这19个SBP基因在谷子的9条染色体上均有分布,每条染色中SBP基因的数目为14个,19个谷子SBP蛋白的氨基酸序列长度为1991118 aa。谷子SBP蛋白的保守结构域由7476个氨基酸残基构成,它们都具有与锌结合的DNA结合域。根据谷子SBP蛋白的聚类分析结果显示,该蛋白家族可分为七个亚组。谷子SBP蛋白家族成员的外显子数从211个不等,均为亲水性蛋白。除SiSBP7之外,其余的谷子SBP蛋白在细胞核中均有信号。谷子SBP蛋白与高粱、水稻的亲缘关系较近。2、谷子SBP基因家族启动子区域的顺式作用元件主要为植物激素、干旱、光照及病原菌、创伤等类型的响应元件。RT-qPCR分析结果显示,PEG和ABA胁迫诱导下,SiSBP2、SiSBP3、SiSBP8、SiSBP9、SiSBP11、SiSBP12和SiSBP13基因在叶和茎中的表达均呈现上调,表达量增幅:叶>茎。PEG胁迫处理后谷子SBP基因的表达增长量显著高于外源ABA诱导后的表达增长量。3、谷子SiSBP15所编码蛋白的氨基酸数目为1118 aa,该基因主要在穗部进行表达,启动子分析表明该基因的主要功能是参与种子的发育。SiSBP15能够参与谷子对非生物胁迫和外源激素诱导的响应。4、谷子SiSBP19所编码蛋白的氨基酸数目为968 aa,该基因在叶中和茎中的表达量较高,基因互作表明该基因参与植物碳水化合物的代谢途径、蛋白质的生物合成及分解过程。SiSBP19也能够参与谷子对非生物胁迫和外源激素诱导的响应。
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