自2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》颁布实施以来，农民专业合作社呈现了迅猛发展的态势，各地纷纷出台了相关规章制度及条例，进一步推动地方农民专业合作社发展。农民专业合作社的发展，增加了农户的收入，提高了农户的组织化程度，降低了农户进入市场交易的风险，推动了农村经济社会生态的繁荣发展。作为农村经济发展的新生事物，其发展中存在着产权界定不够清晰，制度建设不规范，少数人控制，以及与社员间交易成本较高等问题。为进一步探讨在新形势下农民专业合作社的发展，以解决当前存在的部分问题。本文力图从新制度经济学的视角，以产权理论、交易成本理论、以及委托—代理理论为理论分析基础，通过对新疆和静县三个乡镇六家农民专业合作社的调查，以及和静县农经局的座谈，从构建的理论分析框架基础上，对构建的理论分析框架进行实证研究，以验证其可行性与实践性，给予理论和实证两方面富有说服力的阐释。本文从当前农民专业合作社发展入手，以产权理论、交易成本和委托—代理理论为理论支撑，以新疆和静县农民专业合作社的调查为实证。首先，界定了本研究中农民专业合作社的“共有产权”和“个人产权”，构建了产权分析框架；其次，构建了节约交易成本的分析模型，并对新疆和静县某农民专业合作社进行了实证；第三，分析了目前存在的委托—代理问题，并就和静县农民专业合作社进行了分析，提出了对策建议；第四，基于前几章构建的理论分析框架，对和静县A农业科技种植专业合作社进行了实证分析。最后，对本研究的理论分析和实证研究进行了总结，并提出了促进农民专业合作社健康发展的对策建议。