【研究背景】
　　泌尿系结石是全球泌尿外科最常见的疾病之一，其中草酸钙结石是最常见的类型。泌尿系结石与泌尿系感染关系密切，泌尿系感染是结石患者最常见的并发症之一，并且泌尿系感染也会促进结石形成。既往研究显示尿路致病性大肠埃希菌不仅是单纯泌尿系感染中最主要的致病菌，而且也是草酸钙结石患者尿液培养和结石培养中最常见的细菌。大肠埃希菌类型多种多样，具有广泛的毒力因子、致病型和抗原型，目前尚无关于尿液培养和结石培养中大肠埃希菌的毒力基因和遗传背景差异性的研究报道。因此探讨结石大肠埃希菌和尿液大肠埃希菌在抗生素耐药性、系统发育群、分子流行病学和基因组学是否存在差异，对研究大肠埃希菌的耐药机制，及预防和治疗肾结石合并泌尿系感染具有重要的临床和科研价值。
　　【目的】
　　研究草酸钙结石患者尿液培养和结石培养中大肠埃希菌的菌群特征、毒力基因、基因型和全基因组序列，初步分析两者来源的大肠埃希菌是否存在差异，为进一步研究提供理论依据和实验基础。
　　【方法】
　　本研究从66名草酸钙结石患者，分离大肠埃希菌菌株共83株，其中尿液培养出33株，结石培养出50株。通过药敏试验、系统发育群和多位点序列分型分析，探讨结石和尿液大肠埃希菌的菌群特征和基因型。选取最常见基因型的大肠埃希菌：16株分离株包括5对ST1193菌株和3对ST131菌株，进行全基因组测序和比较基因组分析，进一步探讨基因组特征和遗传背景。
　　【结果】
　　1.草酸钙结石患者结石大肠埃希菌和尿液大肠埃希菌大多数菌株表现为多重耐药菌，尤其对氟喹诺酮类和头孢菌素类抗生素耐药，但对呋喃妥因、碳青霉烯类和哌拉西林/他唑巴坦、头孢哌酮/舒巴坦敏感。
　　2.50株结石大肠埃希菌最常见的系统发育群为B2群(27, 54.0%)，其次为D群(16, 32.0%);基因型为ST1193(6, 12.0%),ST131(6, 12.0%)。33株尿液大肠埃希菌中最常见的系统发育群为B2(23, 69.7%)，D群(9, 27.3%)；基因型为ST1193(9, 27.3%),ST131(5, 15.2%)。
　　3.全基因组测序结果显示结石大肠埃希菌和尿液大肠埃希菌具有一致的毒力因子和耐药基因。毒力因子主要参与细菌铁的摄取、黏附和侵袭系统；耐药基因主要表现对氟喹诺酮类、头孢菌素类抗生素耐药。
　　4.结石和尿液来源的大肠埃希菌在同一患者中表现为良好的共线性关系，只出现少量的易位现象；在进化树上可见聚在一支，其亲缘关系较近；两者对细胞的黏附和侵袭率无差异。
　　【结论】
　　草酸钙结石患者结石大肠埃希菌和尿液大肠埃希菌大部分菌株均属于系统发育群B2和D群，基因型以ST1193和ST131为主，且表现为多重耐药，临床上可选哌拉西林/他唑巴坦、头孢哌酮/舒巴坦和碳青霉烯类作为首选抗生素。结石大肠埃希菌和尿液大肠埃希菌在同一患者表现为一致的系统发育群、基因型、毒力因子、耐药基因、良好的共线性关系和亲缘关系较近。