21世纪是知识经济时代。创新是知识经济的本质特征。在这个时代,创造知识和应用知识的能力与效率将成为影响一个国家综合国力和国际竞争力的重要因素。高等学校作为科学研究的基地,在知识经济时代发挥着举足轻重和不可替代的作用,在国家创新体系中高校科研是知识创新的阵地。高校的科学研究必须具有不断创新的能力。然而,传统的直线职能制的科研管理组织结构已经不适应时代的要求,加之学科的交叉融合趋势不断加强,必须对传统的科研管理组织结构进行变革,从而推动科研创新发展。文章首先对组织结构理论及组织结构形式等研究基础进行系统的评述。分五大类分别介绍了组织结构理论,包括古典组织结构理论、行为科学组织结构理论、系统权变组织结构理论、环境决定组织结构理论和经济学组织结构理论,并对与本论文研究相关的直线职能制、矩阵制、虚拟组织结构进行分析。紧接着对高校科研管理组织结构做一般性分析,阐述了高校科研的发展历程及重要作用,结合高校的特征提出影响高校科研管理组织结构的因素,即环境、技术、规模、战略。然后通过对当前我国高校的科研管理组织结构现状的分析,具体分析现有结构的不足,得出变革的必要性。最后围绕提升高校科研创新能力这一目标,提出矩阵制科研管理组织结构是高校科研管理的现实选择,而虚拟化将是适应创新要求的未来发展趋势。