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普洱熟茶是以云南普洱及其周边特定地理范围内的大叶种茶(C. sinensis var. assamica)制成的晒青毛茶作原料,经过后发酵工艺生产而成的散茶和紧压茶。现代的普洱茶生产中,渥堆发酵是生产普洱茶的关键工序,其工序中的微生物种类和数量直接影响普洱茶风味的形成,因此,微生物在普洱熟茶的生产中起着极其重要的作用。由于传统方法对普洱茶微生物的研究具有局限性,使得我们不能充分的了解普洱茶渥堆发酵过程中的一些功能微生物,并且难以全面揭示发酵过程中微生物的作用机制及快速检测控制普洱茶发酵的要求。因而,普洱茶发酵过程中高温微生物类群的动态变化研究具有重要意义。本研究首先采用16S rDNA和18S rDNA序列分析的方法,分别对四种特定的高温微生物(嗜温高温放线菌Thermoactinomyces thalpophilus、嗜硼芽孢杆菌Bacillus boroniphilus、微小根毛霉Rhizomucor pusillus、嗜热棉毛菌Thermomyces lanuginosus)的16S rDNA或18S rDNA可变区进行序列比对分析,找出可变区的特征序列,并据此设计特异性的引物,并进行检测。通过PCR扩增检测,确定引物的特异性。同时,以可变区的特异性序列为模版,采用荧光定量PCR进行扩增检测,并再一次验证引物的特异性。结果表明,所设计的引物都具有很强的特异性,也反映出荧光定量PCR技术具有特异性强、灵敏度高、定量准确等特点。根据得到的相应数据,制作标准曲线,为后续发酵样品中微生物的定量检测提供参考依据。为进一步检测普洱茶发酵过程中这四种高温菌群的动态变化,采用免培养和荧光定量PCR技术进行研究。通过对发酵样品中微生物总DNA提取方法的比较研究,得出一种能提取出高质量发酵茶样中微生物宏基因组DNA的方法。将发酵不同阶段的提取的宏基因组DNA,进行荧光定量PCR检测。结果显示,各菌群在渥堆发酵前期的数量变动较小,经过翻堆以后,各菌群数量开始增加,在发酵的后期达到顶峰。混合发酵时各菌群数量小于纯种发酵,真菌数量明显高于细菌,体现出了真菌在普洱茶发酵过程中的优势地位。同时在发酵过程中还对4种菌种与普洱茶品质成分变化进行了研究。研究结果表明,在普洱茶渥堆发酵期间,四种特定菌株的单一纯种发酵和混合发酵对普洱茶中茶多酚、咖啡碱、游离氨基酸、茶色素等理化指标的含量均有一定的影响。