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作为中国特有虎亚种,华南虎(P.t.amoyensis)的保护占有重要地位。本研究通过对来自湖南的两张野生虎皮3.2Kb线粒体DNA序列分析,对华南虎的遗传起源进行探讨,同时通过3.2Kb线粒体DNA和8个家猫的微卫星位点,对圈养华南虎进行遗传多样性分析,并且利用食肉目Cyt b通用引物对来自广东车八岭自然保护区发现的一只疑似虎爪鞘进行物种鉴定。研究结果如下。1)通过对不同虎组织样品的DNA提取方法的比较优化,确定利用经典酚-氯仿法加DNA IQTM系统试剂盒提纯法提取皮张样品DNA,利用经典酚-氯仿法提取肌肉样品DNA,以及PCR缓冲液处理法提取毛发和粪便毛发DNA。2)通过3.2Kb线粒体DNA序列进行比较,湖南壶瓶山和岳麓山的两个虎样品与母系起源于贵州虎的谱系薄编号为333号的虎得到单倍型W3,与Luo(2004)年发表母系起源于贵州虎的来自重庆动物园的2只华南虎的线粒体单倍型(AMO1)一致,与其他虎种群均相距甚远,形成独立的一支。说明湖南和贵州地区虎具有区别于其他亚种虎的遗传特性,可能代表真正华南虎种群。3)利用mtDNA和微卫星标记对圈养华南虎种群的遗传多样性分析,10只虎到到4个单倍型(本研究检测到的5只和Luo2004年发表的5只),单倍型多样性和核酸多样性分别为0.673±0.058和0.176%±0.0021%,在珍稀濒危圈养种群中处于相对较高的水平,Tajima’s D中性检验得到不显著负值;8个微卫星位点对11只圈养华南虎分析,得到较高的等位基因多样性和杂合度,说明华南虎圈养种群的遗传多样性相对较高。43)利用食肉目Cyt b通用引物对2010年4月华南濒危动物研究所野生动物调查人员在广东省车八岭自然保护区发现的疑似华南虎爪鞘进行物种鉴定,发现为亚洲黑熊,成为近二十年来首次在车八岭自然保护区发现亚洲黑熊,为野外物种调查提供良好的技术支持。