在对历代中医文献进行分类、爬梳、提炼、总结、概括的基础上,综合运用文献学、史学、文字学、哲学、社会学、逻辑学、发生学等方法,根据《中医基础理论》教科书的现有体系,对脏腑功能逐一进行从“源”到“流”的考察和辨析。即首先找到其原始出处,弄清楚其本义是什么?西医传入之前,历代医家是如何论述和运用的;其次考察自近代以来是如何将其与西医学相“汇通”或“衷中参西”,直至建国后被编入教科书的历史过程;再次是从中医学的固有认知模式甚或中国传统思维方式出发,并紧密结合临床实际,对其是否符合中医理论原旨作出判断和辨析;最后对那些经过考察和辨析证明是正确的脏腑功能,利用发生学的研究方法,对其原理作出了说明。所得出的主要结论有:脏腑学说理论的现有体系是自近代以来特别是上世纪50年代末60年代初以西医学为参照系进行整理的结果。目前中医基础理论教材中关于脏腑功能的论述,几乎每一个脏、每一个腑都存在着违背历史与逻辑的“西化论”;对《内经》及历代医籍有关脏腑功能的论述,切不可执于一端,单从字面上随文敷饰,既不能其可通者通之,其不可通者亦或牵强附会,更不可因一时不解其意,即轻率地认为是“无稽之谈”而予以否定;对同一个问题,古代医家基于各自不同的理解、顿悟及临床实践,可能会有着各自言之成理的诠释并由此而建立起一套自己的理论体系,我们今天要想“还原”其本义,必须要与其生活时代的社会历史文化背景及其个人阅历、生活环境等密切联系才有可能做到;胃主受纳是在解剖学启导下所得出的与胃之实体结构相适应的生理功能;胃是吸收水谷精微的主要部位;腐熟水谷的部位虽然在胃,但这一功能却是由中焦来承担和完成的;小肠具有受盛、化物的功能是从解剖学而获得的;“泌别清浊”不是指小肠具有吸收水谷精微的功能,而是指下焦功能而言;膀胱无上口,水液是循下焦渗入膀胱的;膀胱藏津液,胞贮藏尿液;津液气化的动力来源是三焦而不是膀胱或肾;三焦“有名无形”之“无形”当为“无常形”、“无别脏形”;三焦当位于腹腔之内;三焦当是由三块中间有沟渎的“不实之肉”所构成的;三焦当是指小网膜、大网膜和肠系膜;三焦实质至今未被阐明的原因是以西医学作为衡量和评判中医学是否科学的标准的缘故;中医学的胞就是现代解剖学的膀胱,中医学的膀胱指的是覆盖于膀胱上的腹膜;胆汁非由肝分泌,而是来源于胃,也没能发现其消化功能;胆的主要功能在于“主决断”;“凡十一脏取决于胆”只是“脏腑功能孰为贵”众多不同说法的“一家之言”;“心主血脉”不是通过解剖而发现的,而是五行归类的结果;精神意识并非由心专主,而是五脏共主;心主神明乃是由心之于身,犹君主之于社稷国家的观念推论而来;“头者,精明之府。”与神志无关;“脑为元神之府”也不是说神志活动由脑所主宰;脑不属于脏腑,故“脑主神明”“纵然能说必不能行”;“心脑共主神明”既无必要,也不可行;中医学界热衷于“脑主神明”的原因是“以西解中”作祟的缘故;《内经》时代人们虽然认识到肺有从自然界吸入清气的功能,但却认为其动力机制来源于宗气(大气);主宣发者是上焦而不是肺;“通调水道”非指肺之功能,而是指下焦功能正常;脾主运化当为胃主化、脾主运;“脾主升清”即是“脾主运”的同义语;脾主统血是说脾气虚而不能摄血,并非是说脾脏本身具有“统血”之功能;“肝主疏泄”来源于五行推论;“肝主藏血”是为了解释五脏何以能够“藏神”这一五行归类的结论而提出的;“肾主水”的认识并非来源于解剖,而是五行归类的结果;“肾主藏精”也是来源于五行推论。