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大麦黄矮病毒(Barley yellow dwarf viruses,BYDVs)是引起我国麦类病毒病的主要病毒之一,可造成巨大经济损失。由于中国小麦种植区域的生态地理环境有很大差异,可能造成BYDVs含有较为丰富的变异类型。本试验以我国不同地区的大麦黄矮病株标样为材料,对其进行分子鉴定,明确不同地区分离物的病毒种类(株系)、分子变异和进化关系。 2004年和2005年共采集BYDVs标样279个,提取总RNA经RT-PCR扩增CP基因以及核酸点杂交检测我国近两年的大麦黄矮病发生情况,标样的70%左右为阳性结果,其中,BYDV-GAV占据了阳性样品的大部分比例,BYDV-PAV、BYDV-GPV分别在特定区域优势地发生,如2005年BYDV-PAV主要集中在陕西渭南和杨陵地区,占当地阳性样品的29.41%,比2004年的7%有明显的增多。BYDV-GPV,作为中国特有的大麦黄矮病毒株系,在田间的检测样品中比较少,多发生在山西运城,2005年陕西渭南、陕西凤翔、甘肃甘谷各检测到一例。 RT-PCR产物经克隆测序,进行多序列比对分析不同病毒(株系)的分子变异情况。测序的26个BYDV-GAV核苷酸序列长度为600bp,序列一致程度高,变异程度非常小。根据序列构建的系统进化树具有许多平行分支,表明BYDV-GAV序列之间没有明显的聚类。BYDV-PAV核苷酸序列的分子变异则与BYDV-GAV结果不同,600个碱基中有179个位点发生变异,尤其表现在3’末端。系统进化树形成四个组(A-D)。A、B、C三组同属于PAV-CN分离物,虽从同一进化分支而来,但其各自序列相互间差异程度较大,进而分别聚类成组。BYDV-GPV CP基因核苷酸序列长度为606bp,测得序列间同源性为98.7%-99.8%,变异很小。 在测得的BYDV-PAV序列中,来自甘肃省甘谷的05GG2标样比较特殊,它与PAV-CN核苷酸差异较大,而与国外PAV分离物相似程度较高,根据已公布的BYDV-PAV分离物全基因组序列设计保守引物,扩增出05GG2除末端的近全长基因组序列,由5675个核苷酸组成,与PAV-CN序列同源性仅为78.5%,与PAV-aus全基因组序列同源性高达93.6%。初步分析了05GG2的开放阅读框架及非编码区,并将其与世界各地PAV分离物进行核苷酸、氨基酸比对,相似性分析表明它与国外分离物具有较高的同源性,而与国内PAV-CN差异较大。系统进化树显示,05GG2与PAV-aus等成簇聚类明显,形成独立分支。