钱穆的清代学术史著作主要有《中国近三百年学术史》和《中国学术思想史论丛》(八)。出于对梁启超清学史作品的纠偏,钱穆撰写了与之同名的《中国近三百年学术史》。梁氏以新颖的章节体写清学史,认为清学源于对宋明理学的反动,并且高度褒扬清代考据学,认为其具有科学精神。钱穆与梁氏立异,提出清学是对宋明理学继承发展的“每转益进说”。与章太炎、梁启超等学者将清代学术分为吴、皖两派不同,他认为不应将清代学术分派,提出“吴皖非分帜”一说。钱穆采用传统的学案体写作,摘录案主著作的片断,加上自己的评语,写成《中国近三百年学术史》。此写法突出了学人的学术特色,却难以把握清代学术的整体脉络。《中国学术思想史论丛》(八)收录了钱穆关于清代学术史的论文,时间跨度很大。它以“学述”方式写学人,在一定程度上补充了《学术史》的不足,也纠正了其偏失。钱穆清代学术史著作的突出特点是高扬清代理学,贬低考据学。钱氏认为理学包蕴了中华民族的民族魂魄,所以在《中国近三百年学术史》中特意褒扬理学精神,并不理会清代理学实际上已处于衰落之境。钱穆治学走传统一路,将理学思想作为立身处世的行为准则,因此他以道德为基础评判学人。他认为学者治学须有经世之用,所以《学术史》选择的学人基本上都通过阐扬过理学思想表达经世之志。清代考据学不问世事,只钻研学问,为钱穆不喜,给予的评价不高。钱穆认为清代今文经学不扎实无深度且牵强附会,地位不及考据学。钱氏指出学术具有“每转而益进,途穷而必变”的特点,强调中国学术自身的继承性与变化性。钱氏治学有古风,不刻意区分学术与思想,将《学术史》写得偏重思想性。钱穆的清学史中也有不少失当之处。考据学本是清代最重要的学问,但在《学术史》学人的选汰上,钱氏舍弃了钱大昕、王鸣盛、段玉裁、王念孙、王引之等考据学中坚学者;对于戴震,也多讲理学,少讲考据学,这可以说是全书的极大不足。他全然不顾清代理学衰落的事实,对其全力地发挥与阐扬,表现出过强的个人喜好。晚清康有为的今文经学学说起到了促进政治变革和思想解放的作用,他完全无视其正面影响,反而抓住康氏的弱点一论再论,显行偏执。