福建在明末清初的中国版图上处于一个非常敏感的位置上,一方面,自朱熹以来绵延不断的理学文化传统,在朝代更替的战乱中遭到了严重冲击,另一方面,作为南明政权最后盘踞的地区,如何处理福建,在清初的统治者眼里是相当棘手的问题。在经过最初一段时间的政策反复后,清统治者最终决定对福建实行特殊的文化政策,以期改变外族蛮夷的形象,树立尊师重教的传统。鳌峰书院便在这一背景下应运而生了,它从诞生开始,就作为“古侯国之学”而受到崇高的政治隆誉和优厚的物质条件、以重振理学传统作为其指导思想和办学方针。鳌峰书院无论在教育理念、教学内容、教学方法上,还是在书院的建筑特色、后勤管理上都为福建各地的书院树立了典范。而且书院在其长达近两百年的历史里,培育了大批深受理学熏陶又能学以致用的人才,为全国、特别是闽地的社会建设作出了不可磨灭的贡献。更重要的是鳌峰书院的影响还超越了海峡,对台湾地区文教事业的开发起了示范作用,它为台湾的书院树立了样板,为台湾培养和输入了大量人才,可以说,鳌峰书院的影响已经超越了一个地区、一个省份,它可以说是东南地区的一流书院之一。