隐孢子虫,贾第虫和微孢子虫是在世界范围内引起人和动物胃肠疾病的肠道寄生虫。这些病原体主要通过粪口传播感染人和动物,也可以通过受污染的食物或水感染。非人灵长类动物(Nonhuman primates, NHPs)是这些寄生虫的常见宿主,因此他们被认为人体感染潜在的保虫宿主。然而,关于这些寄生虫在非人灵长类的感染率,感染来源,潜在人兽共患风险和遗传多样性研究较少。在这项研究中,我们试图通过多位点序列分型方法对来自中国不同地区圈养的和自由放养的非人灵长类动物肠道原虫感染情况进行检测和分析。隐孢子虫通过对隐孢子虫hsp70 (70 kDa heat shock protein)和gp60 (60 kDa glycoprotein)基因的PCR扩增,对采集的26个种类2,660份非人灵长类的粪便样品进行检测。结果显示非人灵长类隐孢子虫总体感染率为0.7%(19/2,660),包括恒河猴(0.7%),食蟹猴(1.0%),懒猴(10.0%)和叶猴(6.7%)四个种类。对于不同的饲养方式,猴场(1.1%,12/1,110)和自由饲养(0.6%,7/1,270)的非人灵长类均检测到阳性。对于不同的地区,河南地区感染率为0.6%(5/786),广西为1.0%(11/1,079),广东为1.8%(1/57)和上海为0.7%(2/290)。对于隐孢子虫感染种类,检测到的隐孢子虫属于Cryptosporidium hominis (14/19)和Cryptosporidium muris (5/19)。C. hominis的gp60亚型分析,存在IbA12G3和IiA17两种亚型,IbA12G3为优势种。十二指肠贾第虫为调查和研究贾第虫的流行性和基因型,使用SSU rRNA (small-subunit ribosomal RNA), tpi (triose phosphate isomerase), gdh (glutamate dehydrogenase),和bg (beta-giardin)基因多位点分析方法,对采集的43个种类1,882份非人灵长类的粪便样品进行检测盒分析。结果显示,基于tpi基因,22个种类的122份(6.5%)非人灵长类的样本检测到贾第虫,包括恒河猴(2.7%),阿萨姆邦猕猴(11.1%),食蟹猴(10.0%),长尾猕猴(52.9%),日本猕猴(33.3%),白头叶猴(0.7%),赤猴(31.3%),白须猴(100%),叶猴(9.1%),金丝猴(13.2%),黑白疣猴(14.3%),白腹长尾猴(16.7%),松鼠猴(22.2%),绿猴(17.7%),懒猴(50.0%),环尾狐猴(56.5%),山魈(5.1%),阿拉伯狒狒(3.7%),黄狒狒(40.0%),橄榄狒狒(11.8%),白颊长臂猿(14.3%),婆罗洲猩猩(19.2%)。对于不同的地区,郑州动物园的感染率为9.1%,石家庄动物园11.2%,武汉动物园7.6%,太原动物园13.6%,长沙野生动物园44.0%,北京动物园22.2%,上海动物园8.2%,上海野生动物园20.9%,以及河南,广西和广东猴场的感染率为2.9%。检测到的贾第虫为集聚体A(n=4)和集聚体B(n=118)。对tpi基因序列的分析显示,集聚体A包括A1,A2和一个新的亚型。对tpi, gdbg基因的多位点分析共检测到18(7个已知和11个未报到),11(5已知和6个未报到)和9(2已知和7个未报到)的亚型在115,65和35个集聚体B分离株中。所有3个基因位点均成功扩增的32个集聚体B分离株中,共发现15个多位点基因亚型(MLGS),包括2已知和13未报到MLGs。集聚体B的串联序列的系统进化发育分析显示,这里发现的MLGs与来自人类,非人灵长类,兔和意大利和瑞典的豚鼠具有遗传差异。也进一步表明,环尾狐猴和松鼠猴分离的集聚体B与其他非人灵长类的可能存在差异。毕氏肠微孢子虫通过基于毕氏肠微孢子虫ITS (ribosomal internal.transcribed spacer)基因的PCR扩增和序列分析,对采集的43个种类的1,882份非人灵长类的粪便样品进行遗传特性研究。结果共检测到28个种类的306份(16.3%)非人灵长类的阳性样本,感染率从2.6%到100%不等。对于不同地区,广东、云南、’广西、四川、河北、河南、湖北、湖南、山西、北京和上海的感染率分别为70.2%、21.5%、8.5%、7.5%、5.6%、29.0%、15.2%、18.2%、37.3%、29.2%和41.4%。圈养猴类(18.9%,288/1,522)的感染率比在自由饲养(5.0%,18/360)的动物感染率高。在圈养生活的非人灵长类动物,猴场的感染率为13.0%,动物园感染率为24.3%和研究所感染率为26.5%。总共发现34个毕氏肠微孢子虫ITS基因型,包括16个已知基因型(D,O,EbpA,EbpC,EbpD,Ⅳ, Henan Ⅴ, Henan Ⅳ, Pera8, Peru11, PigEBITS5, PigEBITS7, CS-1, BEB4, BEB6和Ⅰ型)和18个新基因型(CM 1-CM 18)。感染率最高为基因型D(70/306,22.9%),然后是CM1 (58/306,19.0%), Ⅳ型(31/306, 10.1%), CM4 (28/306,9.2%), EbpC (16/306,5.2%),O(13/306,4.3%), CM16 (13/306,4.3%)。其中基因型D, EbpC, CM4和O型在非人灵长类中广泛分布(9-14种),然而基因型Ⅳ型,CM1和CM16分布在1-4种的非人灵长类物种。26个基因型(263/306,86.0%),不包括基因型BEB4, BEB6, I, CM4, CM5, CM7, CM9和CM18型的系统发育分析表明,群1具有人兽共患性。新的基因型CM5, CM7和CM9 BEB4, BEB6和Ⅰ型聚集在群2。剩余的两个基因型(CM4和CM18型),在其他两个非人灵长类的基因型之间形成新的集群(群9)。对126份ITS基因阳性的毕氏肠微孢子虫的群体遗传分析发现,属于Ⅳ, D, Peru8, Henan V, Peru11, PigEBITS7, CM1, CM2和CM3基因型。对成功扩增所有的4个微卫星和小卫星(MS1, MS3, MS4, MS7)及ITS基因的85个分离株进行群体遗传结构分析,总共发现59个多位点基因型。使用多位点和等位基因谱数据进行连锁不平衡分析。多位点强和显著的连锁不平衡性和限制性重组序列分析显示,毕氏肠微孢子虫的克隆群体结构的存在,同样在等位基因谱数据分析中得到验证。F检验显示中性突变的缺失和分子选择的存在,并且比较了常见的ITS基因型(CM1, V, D型)的群体结构。在突变序列强的连锁不平衡与不显著的连锁不平衡和／或LE的等位基因谱数据分析显示在常见的ITS基因型呈地方群体。种系发育分析和亚结构分析都没有显著的遗传隔离,也比较了亚群1(主要包括Ⅳ型),亚群2(主要包括CM1型和D型),亚群3(包括多个基因型)和亚群4(包括Henan V型)。在突变序列强的连锁不平衡与不显著的连锁不平衡和／或连锁平衡的等位基因谱数据分析显示在亚群中流行群体的存在。本研究的数据得出以下结论：(1)尽管非人灵长类动物隐孢子虫的总体感染率低,但是具有人畜共患性；(2)贾第虫集聚体B在非人灵长类动物中是常见的,并且集聚体B可能存在的地理隔离和宿主适应性；(3)猴感染毕氏肠微孢子虫基因型的多变异性和作为人感染毕氏肠微孢子虫的保虫宿主的人兽共患潜在风险值得重视；(4)毕氏肠微孢子虫在非人灵长类动物的克隆通常没有遗传隔离。