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山东省地处黄河下游和黄淮海农区,现有崂山奶山羊、济宁青山羊、鲁北白山羊和沂蒙黑山羊等地方品种,新发现的莱芜黑山羊和牙山黑绒山羊,引进的波尔山羊及其杂交后代,共同组成了其山羊遗传资源。本试验测定了7个同域山羊种群(莱芜黑山羊(LBG)、济宁青山羊(JBG)、崂山奶山羊(LMG)、牙山黑绒山羊(YBG)、鲁北白山羊(LWG)、波尔山羊(BG)和杂交羊(HG))的mtDNA D-loop高变区部分序列,确立了不同单倍型。通过计算单倍型多样度、核苷酸多样度、群体间核苷酸分歧度、群体间净遗传距离、群体平均核苷酸差异数等参数及遗传变异AMOVA分析,研究了不同群体的遗传结构和遗传多样性水平;利用各单倍型构建了系统发育树,探讨了该区域山羊群体的起源,并对得到的几个分支进行了Mismatch分析。具体结果如下:1、在59只个体的mtDNA D-loop高变区序列中,发现崂山奶山羊品种的一条序列存在长度为5bp的片段缺失,很可能为一串联重复单位。其余58条序列均为533bp,发现了59个多态位点,其中单一多态位点22个,占总序列的4.13%,简约信息位点37个,占总序列的6.94%。所有多态位点中出现1处颠换(100位),1处转换与颠换共存(42位),其余均为转换,具有较高的转换偏倚。2、根据59个多态位点确立了37种单倍型,共享单倍型有H16、H21、H24和H33四种,其余33种单倍型均为各群体所特有,单倍型多样度为0.9540。Mismatch分析发现差异10个碱基的单倍型最多。3、所有群体单倍型多样度在0.7857～0.9697之间,核苷酸多样度在0.12716～0.17170之间,表明遗传多样性水平较高。AMOVA的变异组分剖分发现,群体内变异方差组分占94.87%,远大于群体间的5.13%,说明群体分化不明显。核苷酸分歧度在1.336%～1.951%,净遗传距离在0.015%～0.665%之间,通过Da构建NJ树发现杂交羊、济宁青山羊、莱芜黑山羊、鲁北白亲缘关系较近,聚为一支,而牙山黑山羊和崂山奶山羊亲缘关系较近,聚为另一支,支持将莱芜黑山羊与牙山黑山羊划分为两个不同的品种,并及时加以保护。4、系统发育树将37种单倍型划分为两个较大的分支,角猾羊1条序列聚入A分支,而捻角山羊则自成1支。A分支为7个群体的优势类型,B分支的影响相对较小。5、对A、B两种类型进行Mismatch分析,发现A类型经历过群体扩张,群体扩张时间较早,B类型未经历过群体扩张。