本文以秦岭地区印支期和燕山期钼矿作为研究对象,在综合分析了前人研究成果的基础之上,采用了野外地质调查,岩矿石样品鉴定以及现代地质学实验分析等方法,从含钼花岗岩体地质特征(岩体产出状态、岩体主量元素特征、岩体微量元素特征、岩体稀土元素特征)和典型钼矿床的地质特征(矿区地质特征、矿体地质特征、矿床成因特征)等两大方面对秦岭地区两期形成的钼矿进行对比研究。秦岭地区燕山期含钼花岗岩体基本都为小岩体,出露面积不足1km2,并且附近存在与成因有关的大岩基。而印支期含钼花岗岩岩体普遍规模很大,面积一般几百平方公里。燕山期含钼花岗岩体本身就是矿体,矿体主要赋存于岩体中和内外接触带中,少量赋存于岩体围岩中。印支期钼矿体都赋存于岩体内部,但是也有部分矿体分赋存于岩体的外接触带中。秦岭地区含钼岩体都具有高硅、富钾、贫镁铁钙的特征,属于亚碱性花岗岩系列,进一步细划分为钾玄岩-高钾碱性系列,基本上都为铝过饱和岩。岩体中全碱w(Na2O+K2O)含量都很高,并且具有K2O较Na2O富集的特征。同时Si O2与Fe2O3、Ti O2、Ca O、P2O5呈现一定的负相关性。根据岩性划分,燕山期形成的钼矿主要存在花岗(斑)岩中,而印支期形成的钼矿主要赋存在二长花岗(斑)岩中。尽管岩性不同,但与成矿有关的岩浆岩侵入活动多发生在中后期。秦岭地区含钼岩体中Mo元素都强烈富集,伴随着高场强元素普遍富集,大离子亲石元素大多亏损的情况。含钼花岗岩中∑REE变化范围很大,但都具有轻稀土元素相对富集,重稀土元素相对亏损,Eu元素的负异常的特征。在稀土元素配分曲线图上,曲线呈右倾的V字形;根据δ(Eu)和Sr含量初步判断,燕山期形成的含钼花岗岩体均属于壳幔混染型,而印支期形成的含钼花岗岩体即有属于壳源型又有属于壳幔混染型。通过对秦岭地区印支期形成的杨木沟钼矿与燕山期形成的潘河钼矿的地质特征对比发现,钼矿体分布受成矿期形成的张扭性断裂、节理等构造控制明显,在构造发育地段普遍形成富矿体。钼矿石的特征基本相似,具有相同的矿石矿物和脉石矿物,都具有斑状结构、脉状、网脉状和浸染状构造等。但两期钼矿的成矿方式存在差异,即潘河钼矿成矿作用以充填为主,而杨木沟钼矿成矿作用以交代作用为主。在两个钼矿床中,都出现了硅化蚀变带、青磐岩化带(绿泥石化带、绿帘石化带)和黑云母化带等。但由于个体差异,致使潘河钼矿中缺失了钾化带多了碳酸岩化带,并且蚀变带不成规模。而杨木沟钼矿中围岩蚀变带成规模围绕岩体呈环带状分布基本蚀变带都存在。成因方面,虽然两矿体形成的时代不同,但是都属于中酸性岩浆岩沿着区域性断裂构造向上侵入,随着温压条件的改变,或是与围岩发生化学反应,致使成矿物质析出,形成了矿体。