自20世纪70年代以来，人们逐渐意识到自然生态系统的科学理论用于解决其它学科复杂性问题的能力和优势，生态学知识为人们解决企业管理系统的问题指明了一个新的研究方向。生态学是研究生物与其环境相互关系的科学。自然界中生物的生活环境很广泛，也很复杂，地球内外的一切自然现象都可能成为生物生存的环境因子。生态学的研究方法就是将研究对象作为一个系统，研究这个系统与环境之间的相互关系。目前，生态学的思想、理论和方法正在向经济管理领域渗透、融合。而生态学的研究方法和研究成果对于现代制造业产业集群等类似复杂系统的研究更具有指导意义和现实意义。本论文主要将生态学的有关理论引入产业组织研究领域，对现代制造业产业集群进行生态学分析，对现代制造业产业集群中的协同进化理论，多样性、共存与共生理论和现代制造业产业集群数学生态学稳定性理论进行了研究，最后对北京和武汉的现代制造业产业集群进行了实证分析研究。首先论文对生态学理论与经济学理论的进化与演化进行了论述，并对组织生态理论进行了探讨，然后从国内、国外两个方面对产业集群的理论进行了分析，为后面几章的研究作了理论铺垫。其次，论文将生态学的有关理论引入现代制造业产业集群的分析中，主要讨论了两个方面的内容，即对生态系统的相关理论进行了概括：并以递进的关系讨论了现代制造业、现代制造业产业集群以及现代制造业产业集群的复杂结构、现代制造业产业集群的复杂关系网和现代制造业产业集群的生态系统。第三，论文对现代制造业产业集群的协同进化进行了研究。一是现代制造业产业集群与顾客满意的协同进化；二是现代制造业产业集群的协同进化。第四，论文对现代制造业产业集群的多样性、共存与共生进行了研究。即从组织生态学的角度讨论了现代制造业产业集群的多样性问题、现代制造业产业集群内共存机制问题和现代制造业产业集群内的共生问题。第五，论文对现代制造业产业集群数学生态学稳定性理论进行了研究。从生态学中的稳定性问题入手，一方面回顾了生态学文献中关于稳定性的概念及其度量，另一方面探讨了数学生态学中的稳定性问题，利用数学生态学稳定性理论来探讨现代制造业产业集群运行发展的模式。最后，论文对北京现代制造业产业集群和武汉的现代制造业产业集群的发展进行较全面的实证研究，提出了现代制造业产业集群规划发展的战略思路。