改革开放以来，上海作为全国率先开展加工贸易试点城市之一，凭借国家的优惠政策、充沛低廉的劳动力、完备的基础设施、优越的地理位置等比较优势，加工贸易取得了迅猛发展，实现了贸易方式由来料加工为主转为进料加工为主；产品结构从劳动密集型的轻工、纺织产品逐步转向资本、技术密集型的机电、高新技术产品，本地企业技术水平和管理能力不断提升。可以说，加工贸易作为拉动经济增长的“三驾马车”之一的对外贸易的重要组成部分，为上海外贸快速增长、出口产品结构优化和经济社会全面发展起到了重要的拉动作用。但长期以来，上海加工贸易以OEM贴牌生产方式为主，存在“两头在外”、产品附加值和自主创新能力较低、自主品牌匮乏等问题，成为上海加工贸易发展的制约因素。特别是全球金融危机爆发以后，上海加工贸易面临更为严峻挑战：从国际形势来看，全球经济增速放缓，外需疲软，周边国家地区同业竞争激烈；从上海本土来看，人民币升值、劳动力成本上升、土地资源紧缺等因素，上海原有的比较优势正在严重削弱。在知识经济时代全球新一轮国际产业转移和分工形成过程中，上海如何把握机遇，扬长避短，加速加工贸易转型升级，提升在全球产业链中的地位和作用，对持续有效发挥上海加工贸易对全市经济的拉动作用具有重要的意义。在转型升级关键时期，由于市场调节注重短期利益、局部效益，调节具有滞后性，因此政府通过制定正确的产业政策、实施有效的政策措施，可以有效弥补市场调节的局限和不足，实现有限资源的有效配置，引导市场主体加速实现转型升级。2013年，国务院正式批准上海建设“中国（上海）自由贸易试验区”，在区内实施“一线逐步彻底放开、二线安全高效管住、区内货物自由流动”的监管模式，积极培育贸易新型业态和功能，形成以技术、品牌、质量、服务为核心的外贸竞争新优势，提升在全球贸易价值链中的地位。自贸区建设为上海加工贸易的转型升级创造了良好的机遇。上海应该以“中国（上海）自由贸易试验区”建设为契机，依托加工贸易发展30多年积累的扎实的技术优势、集聚的高端人才优势、国际化的投资贸易环境等新的比较优势，以及国家赋予的政策先行先试优势，加强政府宏观管理调控，发挥产业政策杠杆调节作用，通过完善加工贸易政策体系，适应加工贸易发展新需求；调整产业布局和规划，优先发展先进制造业和战略性新兴产业；优化投资政策环境，着力引进外资地区总部和研发中心；实施积极财税扶持政策，鼓励和支持企业加大研发，提升技术，创建品牌，开拓市场等等，从而推动上海加工贸易的转型升级。