追求创新是当前世界主旋律,自主创新也是我国目前科技发展的主要诉求。要使我国从人均资源短缺的发展中国家逐步迈向现代化,必须依靠科技创新,提高资源利用效率,走新型工业化道路。可以说创新应该是追求资源高效利用达成最大社会效益的一种工具,而不是竞相投入资源以获取的一种结果。所以说,创新活动的竞争,不是单纯的创新能力比拼,最重要的着眼点应是效率的提升。国家创新系统在整体上参与主体众多、制度机制繁杂,且由众多区域和产业子系统构成,其效率形成过程及影响因素复杂。根据国家创新系统概念体系的理论框架,结合我国实际情况,本文主要从政府、大学、产业三类主体入手,以各层面上的创新政策制定为视角,以管理学理论与方法为基础,采用归纳与演绎法、定性与定量方法、规范研究与实证研究相结合等方法对国家创新系统各主体在不同制度规则影响下对系统整体的效率生成机制进行研究。论文主要围绕以下四个方面的内容展开：第一,对国家创新系统概念体系内尚且定义模糊且界限不明的各种创新活动加以明确的界定与理论的梳理,推导创新对经济成长的影响模型,使得以国家范围内的创新活动效率评价具备理论可行的基础。第二,导入DEA理论,经由对世界主要国家创新绩效研究机构的资料搜集与探讨,撷取本文评价国家创新系统投入产出的指标并进行数据包络分析,得到中国与19个ODCE所认定发达国家的相对创新系统效率与各项偏差值比较。第三,根据数理分析的结果,由我国创新系统中政府、大学、企业三个层面的现实情况剖析目前存在的主要效率促进与阻碍因素,并辨证参考他国经验提出改进方法。第四,尝试推导一种应用国家创新系统概念体系来制定创新政策的普适性工具,并以深圳市金融市场为案例研究对象验证此工具在国家创新系统子系统中的使用可行性与具体方法。第一章简单介绍世界主要国家对于创新活动的投入情况与知识成果产出,提出评价国家创新系统效率的理论意义。经由国内外现有相关研究的综述,总结在现阶段进行国家创新系统效率评价已取得的研究基础,受到的制约条件,以及亟待解决的问题,并由此确定本文的研究对象与研究内容。第二章从创新与国家竞争力的理论归纳着手,对论文中涉及的相关概念进行界定,提出创新对经济影响模型,并剖析国家创新系统中各项效率作用因素。为评价国家创新系统效率做出了理论铺垫。第三章引入DEA数据包络法,将其与国家创新系统效率评价的性质与流程进行融合,根据本文横向比较多国创新系统相对效率的研究目的选择适用的CRR测量方法,再根据纵向衡量各国自身效率演化情况的需求补充Malmquist指标跨期效率分析,构建本文数理研究所用模型。第四章选取瑞典洛桑国际管理学院与美国国家科学基金会的指针进行数据统计与分析,得到20国国家创新系统相对效率及偏差值。根据数值分析将20个国家按照当前效率与趋势效率两项评价标准分为5个子群,得出关于我国创新系统效率的结论是,目前相对效率较高但长期呈效率衰退趋势。第五章针对我国创新系统效率评价的结果,先从表面的逻辑关系上阐明参与评价的各项指标高低对效率促进或阻碍的作用关系,然后着重剖析我国现阶段政府与大学在国家创新系统中所发挥的贡献与不足,并从提高创新系统效率的角度提出创新政策制定建议。第六章在前文的论证与分析基础上,尝试基于系统失灵的概念构建诊断创新系统效率瓶颈的普适性工具。利用创新系统的主体与规则两个基本维度组成系统失灵诊断框架的二重维度,使得在诊断框架中标记效率瓶颈的同时可以锁定对效率造成阻碍作用的对应主体与系统失灵。文章采用深圳市金融市场作为案例研究对象探索此框架的应用,并得出结论深圳市金融市场效率瓶颈主要在于政府层面的软硬性性制度失灵。最后参考美国金融市场针对制度失灵所采取的创新政策提出制定创新政策的建议。第七章总结与回顾全文,并针对本文存在的囊括指标不充分与知识管理论述不足等问题,结合世界国家创新发展的趋势与目标,对未来的国家创新系统效率评价的研究方向进行了建议与展望。