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鲤(Cyprinuscarpio)是世界重要的淡水养殖鱼类。在我国由于受地理隔离、突变、自然和人工选择压力的作用，形成了许多鲤品种，例如荷包红鲤(Cyprinuscarpiovar.wuyuanensis)和兴国红鲤(Cyprinuscarpiovar.singuonensis)。近几十年来，由于过度捕捞和生境破坏等问题，许多重要且宝贵的鲤自然群体显著减少，再加上缺乏科学的选育指导与管理，致使不同鲤品种相互混杂，种质状况令人堪忧，因此，充分了解其遗传结构和变异，对我国鲤种质资然保护与良种选育具有重要指导作用。有关鲤基因组中微卫星位点丰度等特点的报道较少。比较分析不同鲤品种间微卫星的变异，可以增加我们对鱼类微卫星在人工选择中的响应和进化规律的了解。本研究以长江野鲤(CyprinuscarpioL.)(采自长江)、荷包红鲤、兴国红鲤和黄河鲤(Cyprinuscarpiovar.huanghe)为实验材料，分别开展了以下三方面的工作:
1.微卫星分子标记的开发。本研究利用生物素-磁珠吸附富集微卫星法(FIASCO)分别构建了长江野鲤、荷包红鲤和兴国红鲤三个鲤品种的基因组文库，分离获得207个多态微卫星标记，并在对应鲤品种中检测了部分位点的多态性，结果表明这些位点具有较高的多态性。本实验中微卫星标记的成功开发为鲤遗传连锁图谱的构建、QTL定位、群体遗传结构分析以及亲子鉴定奠定了基础。
2.三个鲤品种微卫星丰度及遗传多样性的比较。通过比较荷包红鲤、兴国红鲤和长江野鲤三个鲤品种基因组文库各402个阳性克隆的测序结果后发现，微卫星核心重复5次以上的克隆个数分别为:253(62.94％)，330(82.09％)和329(81.84％)。此外，利用文库中开发出的17个高度多态微卫星位点对三个鲤品种共60个个体进行遗传差异分析，结果显示:(1)长江野鲤多态性最高，荷包红鲤最低;(2)品种间存在中等程度以下的分化，;两个红鲤品种内存在严重近交现象;(3)荷包红鲤与兴国红鲤遗传距离最远，兴国红鲤与长江野鲤最近。本实验结果表明:荷包红鲤微卫星丰度显著低于兴国红鲤和长江野鲤，且与前两个品种在基因组水平上存在一定程度的歧化，推测可能与荷包红鲤受到频繁的人工选育和较大的自然选择压力有关，因此，在未来的选育过程中，我们应该对这些特殊而宝贵的鲤品种加强科学管理与保护。
3.黄河鲤亲子鉴定的初步探究。利用17个多态微卫星位点对4个黄河鲤混合家系的40个子代进行系谱鉴定，结果表明:(1)当亲本性别己知时，40个子代个体均能准确找到对应父本，39个子代可以准确找到对应母本，鉴定准确率为98.75％;(2)当亲本性别未知时，35个子代能准确对应到相应家系中，鉴定准确率为87.5％。结合本实验研究结果，我们总结出影响亲子鉴定效率的因素主要包括:微卫星位点多态性、亲本规模、基因分型错误率、无效等位基因频率以及存在偏离Hardy-Weinberg平衡的位点个数。这些结论为大规模黄河鲤家系的亲子鉴定工作奠定了基础。