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长链非编码RNA(lncRNA)在细胞的转录调控中发挥了重要的作用。但是其中的机制仍然存在许多谜团。在本论文中,我们主要从基因组的空间结构着手,以编码蛋白基因间区非编码RNA(lincRNA)为研究对象,研究了 lincRNA基因参与的远程交互作用,主要内容包括:远程调控元件通过染色质交互作用对lincRNA转录活动的调控,lincRNA在DNA和RNA水平分别对编码蛋白基因的调控。结果显示lincRNA广泛分布在按照功能组织起来的染色质交互网络中,并且被远程调控元件调控,不同类型的调控元件对lincRNA的表达量有不同的影响,其中超级增强子调控的lincRNA的表达量和在交互网络中的度数显著高于其他类型的远程调控元件修饰的lincRNA。LincRNA和编码蛋白基因组成大型的共表达网络,其中lincRNA基因处于更加中心的位置。LincRNA的启动子区域显示了两种截然不同的组蛋白修饰模式:类似增强子的(enhancer-like)和类似启动子的(promoter-like),说明它们的调控机制可能有差异。我们分析ChIA-PET技术代表的DNA-DNA交互数据与CHART数据代表的RNA-DNA交互数据,使用两个lincRNANEAT1和MALAT1作为示例,表明lincRNA与编码蛋白基因的交互有助于lincRNA在RNA水平发挥调控作用,因为转录形成的lincRNA可以通过空间上的邻近性寻找靶标基因。这是一种新型的预测lincRNA功能的方式,并且它比使用表达量的相关性的方式更加直接。一些lincRNA参与细胞特异性的交互,同时也只在该细胞系中特异性表达,这些lincRNA的功能可能与该细胞系特有的代谢活动相关。位于lncRNA基因内部的单核苷酸多态性位点(SNP)揭示一些与疾病相关的lincRNA参与的远程交互作用。我们的研究为阐明lincRNA在转录调控中发挥的作用提供了新的视角。