基于SVM的基因选择

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基因芯片的出现为基因诊断和基因治疗提供了很好的前提和可能性,超高维空间超小样本的基因选择问题是基因芯片技术的挑战性课题之一,对于解决维数发难问题和获得诊断基因具有重要的理论和实际意义.该文针对DNA微阵列数据,进行了基因选择方面的研究.该文主要做了以下四部分的工作:(1)提出了实现二病类样本有效分类的基于SVM+leave-one-out递增基因选择方法.(2)针对多病类情况的基因选择问题,提出了在区分两两病类所选择基因的基础上的基于MLP+leave-one-out、MLP+leave-4-out的递减基因选择方法.(3)在前面工作的基础上,提出了一种用对多个区分两病类对的贡献向量求合表示基因对区分所有病类样本的贡献,并根据合向量进行基因选择的合贡献向量基因选择方法.(4)提出了一种直接进行基因选择的贡献空间基因选择方法.该方法利用多个区分两病类对的贡献向量构造贡献空间,然后在贡献空间中进行基因选择.经过对真实的基因微阵列数据进行大量实验,从2308个基因中找出了6个基因即可以诊断对应的4种疾病,从7129个基因中找出了11个基因即可以诊断对应的2种疾病.从而可极大的降低芯片和诊断费用,但却不失对疾病的正确诊断能力,表明了该文中提出的几种方法的有效性.
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