嘉陵江为长江八大支流之一，流量大、流域面积广，且流域内自然资源丰富。针对嘉陵江流域内浮游生物有较多研究，但主要集中在中下游地区，嘉陵江（风县段）的硅藻资源研究尚为空白。　　本文结合高通量测序技术和形态鉴定的方法对嘉陵江（凤县段）硅藻进行鉴定，并进行了统计分析。通过扫描电镜观察，共鉴定出硅藻73个分类单元，其中67个分类单元隶属于7科17属，准确鉴定出硅藻34种14变种，尚有25种未完成种水平鉴定。通过高通量测序方法共鉴定出硅藻109个分类单元，准确鉴定出硅藻7科20属19种。　　两种方法在科水平上的鉴定结果保持一致，均包含7科:圆筛藻科、脆杆藻科、曲壳藻科、异极藻科、桥弯藻科、舟形藻科和菱形藻科。在属水平上，两者的共有属包括直链藻属、等片藻属、内丝藻属、舟形藻属和菱形藻属等共11属。共有种包括5种:变异直链藻、梅尼小环藻、肘状针杆藻、近缘桥弯藻和瞳孔舟形藻。形态鉴定结果中除共有属外还有6个属，其中桥弯藻科和舟形藻科各2个，圆筛藻科和曲壳藻科各1个。而高通量测序方法除共有属外还有9个属，舟形藻科多达4个。在种水平上的鉴定结果差异较大，除共有种外，高通量测序结果中包含14种，形态鉴定结果中包括43种。比较两种鉴定方法发现高通量测序技术适合属水平的鉴定，而形态鉴定在种水平的准确鉴定上具有优势。　　根据形态鉴定结果对嘉陵江（风县段）三个采样点A5、B2、C11的硅藻进行统计分析，结果显示从A5到C11，硅藻的优势种数目、硅藻种类和硅藻密度均呈增加趋势。参考水质指示生物表对三个水样进行评价，推测样品A5接近α-中污水平，而B2和C11样品接近β-中污水平，Margalaef指数的结果与指示生物法结果相似，3个样品均有不同程度的污染。硅藻属指数显示样品A5水质最好，Shannon-Weaver和Simpson指数显示3个样品均处于寡污带。