自1992年原国家经贸委、国家教委和中科院联合实施“产学研联合开发工程”以来,我国的产学研合作得到了飞速的发展。习总书记在十九大报告中再次强调,要深化科技体制改革,建立以企业为主体、市场为导向、产学研深度融合的技术创新体系,促进科技成果转化。产学研合作作为企业、高校、科研机构的联合创新活动,具有整合各项资源、缩短研发周期、加速成果转化和降低研发成本等优势,已经成为提高科技成果转化效率、培育新兴产业、提高创新能力的最重要手段之一。各地政府纷纷出台相关政策,通过直接资金资助、税收优惠、建立产学研合作平台等多种方式,鼓励区域内企业和高校等合作主体参与产学研合作。许多学者从企业和高校及科研机构的视角分别对其参与产学研合作的动机、合作机制和合作绩效等方面对产学研合作展开研究。对区域的产学研合作效率的关注度也逐渐提高,有基于具体的省市详细分析其产学研合作效率变化的,也有从全国范围内研究省域产学研合作效率的。产学研合作效率的高低决定了政府和企业以及高校等科研机构对产学研合作的投入是否能有效地转化为产出,提升自身以及地区的产学研合作水平。本文通过政府资助方式的差异来探究其对产学研合作效率的影响,以期探寻提高产学研合作效率的有效途径。本文首先从理论上分析政府直接资助和税收优惠两种不同的政府资助方式对产学研合作效率的影响差异,运用随机前沿分析方法进行实证分析,并对二者之间的差异进行解释;其次,基于前人的研究,提出政府直接资助和税收优惠对产学研合作效率的影响存在门槛效应的假设,随后通过实证分析对假设进行检验;最后,通过随机前沿分析所得到2009-2014年各省、直辖市、自治区产学研合作效率的数据,从整体和分东、中、西部地区对其合作效率进行了详细的分析。通过研究得出以下主要结论:(1)政府直接资助和税收优惠均对产学研合作效率的提升具有显著的正向促进作用,且政府直接资助的提升效果要强于间接税收优惠;(2)以政府资助强度为门槛变量,政府直接资助对产学研合作效率的提升存在显著的单一门槛效应,当政府资助强度高于0.1082时,政府资助对产学研合作效率的提升效果更强;(3)以税收优惠强度为门槛变量,税收优惠对产学研合作效率的提升不存在显著的门槛效应;(4)我国的产学研合作效率整体处于偏低的水平,各省近几年的产学研合作效率整体均处于稳步提升的趋势,东部地区的产学研合作效率要明显高于中西部地区,高等教育资源相对薄弱的地区其产学研合作效率普遍较低,如海南、青海、宁夏等。