发热伴血小板减少综合征病毒（Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome Virus,SFTSV）是2009年首次于我国发现并分离的一种新布尼亚病毒,其属于Bunyavirales目Phenuiviridae科Bandavirus属,感染该病毒引起的发热伴血小板减少综合征（Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome,SFTS）是一种病死率可高达12%-50%的新发传染病。SFTS的常见症状包括急性发热、血小板减少、白细胞减少、淋巴结肿大、肌肉疼痛和胃肠道症状等,部分患者会发展为危重病症,伴有出血症状、神经症状、弥散性血管内凝血或多器官衰竭。SFTSV感染引起的SFTS疾病除对症治疗外,目前尚无批准的特异性抗病毒治疗方法。其主要经由蜱虫叮咬传播,此外也有部分病例报告了人传人的现象。SFTS在我国中东部地区各个省份,以及日本、韩国和部分东南亚国家流行,因蜱虫病媒的广泛分布及SFTS的高病死率,该病引起全球卫生界的广泛关注及对大流行传播出现的担忧。现存的关于发热伴血小板减少综合征病毒遗传多样性特征的研究显示出病毒具有明显的遗传多样性特征,然而针对SFTSV遗传多样性与病毒毒力相关的研究仍十分缺乏,目前,人们尚不知晓SFTSV不同遗传多样性特征与感染发病是否存在关联,以及基因特征的差异会对患者病情进展和结局存在何种影响。本研究基于队列研究设计,获得了我国SFTS重度流行区河南信阳地区2011年至2020年的805株SFTS患者来源病毒的全基因组序列,从核苷酸和氨基酸两个层次对SFTSV遗传多样性特征进行深入剖析,同时结合患者临床信息进行关联分析,揭示了SFTSV基因特征与疾病结局的相关性。根据SFTSV的L、M、S三个片段的系统发育分析,我们鉴定出研究地区所流行的七个SFTSV基因型（I-VII）,其中四个为主要流行的基因型（I-IV）,我们分析了不同基因型与疾病临床预后的相关性,鉴定了一个与高病死率相关的SFTSV基因型（Ⅳ）。感染SFTSV基因型Ⅳ患者的病死率（32.9%）显著高于感染其他三个主要流行的SFTSV基因型患者的病死率（基因型Ⅰ:16.7%,基因型Ⅱ:13.8%,基因型Ⅲ:11.8%）。本研究进一步对SFTSV单核苷酸多态性位点和氨基酸错义突变位点与患者结局进行关联研究,确认了247个与患者结局存在显著关联的单核苷酸多态性位点、25个与患者结局存在显著关联的氨基酸错义突变位点,共突变分析发现2种病毒氨基酸共突变模型与患者结局存在显著关联。综上所述,本研究创新性地将生物信息学分析与临床研究设计相结合,对SFTSV遗传多样性特征和患者临床信息进行关联研究,揭示了一个感染导致高病死率的SFTSV基因型Ⅳ,以及与该基因型导致病死率升高紧密相关的突变位点特征。这些发现表明,在公共卫生和临床诊断中,应该对SFTS流行地区的高病死率毒株进行分子监测。该研究也为SFTS的临床治疗、疾病预后预测、流行风险评估提供了科学依据,为后续疫苗及抗病毒药物的研发奠定了科学基础。