随着全球化浪潮来袭,全球信息化网络和全球生产性网络的形成,促进了世界扁平化发展,时空已经不再成为制约经济的发展及创新活动开展的瓶颈,知识、技术要素逐渐代替资金、劳动力成为地区经济发展核心资源,创新能力成为决定区域社会经济的关键因素。中国是一个历史悠久、地理面积辽阔的国家,区域环境及历史发展背景的独特性、地理自然条件的差异性,致使创新能力呈现出明显的区域性差异,参差不齐的创新水平又导致经济发展水平失衡。同时,随着知识经济的发展,公司、大学和政府部门之间的联系日益密切,区域逐渐由地理、政治和文化一体转变为公司、大学和政府部门构成的三重螺旋创新空间,大学、产业、政府相互作用形成新的区域创新发动者。在此前提下,本文基于区域创新系统、三重螺旋理论基础对区域创新能力差异性进行研究。通过对国内外现有研究成果和相关文献的梳理和分析,本文首先对区域创新系统的发展及内涵进行研究综述;其次,基于三重螺旋理论对区域创新系统中的创新主体及其职能进行分析的基础上,针对高校和企业、政府三个创新主体子系统及中介结构这一辅助创新系统的创新发展构建指标体系。本文主要应用因子分析法对中国除西藏外的30个省域2005至2014十年间的区域创新能力及其影响因子进行评价分析。在对中国内地除西藏外的30个省域的创新能力进行聚类分析,将这30个省域区域创新发展分为领先、发达、发展、落后四类,并对这四类地区的区域发展特征进行静态和动态分析。并从复杂系统协同论角度出发,通过对耦合度、耦合协调度的计算,对区域创新系统内各个子系统的相互作用激烈程度进行分析。