喜树SLS候选基因的分离及功能预测

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喜树碱是治疗多种癌症的药物。它在植物喜树(camptothecia acuminate)体内的合成过程中涉及到很多基因的参与。本文从喜树幼嫩叶片分别提取DNA和RNA作为PCR扩增模板,根据已知的长春花(Catharanthus roseus) CYP450 72A(Secologanin synthase,SLS)的保守序列设计简并引物,从喜树中扩增到喜树碱生物合成途径中SLS候选基因的部分片段,然后利用染色体步移技术(Chromosome Walking)进行扩增已知序列的未知侧翼序列。扩增的片段经过拼接后获得了一个长片段DNA序列。此片段经测序后,作为RT-PCR引物设计的依据。结果表明我们从喜树中成功地克隆了类似SLS基因(sls-like)的全长cDNA序列。它含有1706 bp的碱基,其中包括1575 bp完整的开放阅读框(ORF),编码一个含有524个氨基酸的蛋白质。此外,生物信息学分析结果表明: (1)该蛋白质的相对分子量大约为59.8 kDa;(2)等电点为8.92的亲水蛋白; (3)有信号肽和跨膜区域;(4)可能定位于内质网膜中;(5)其二级结构主要以无规卷曲和α-螺旋为主;(6)系统进化树显示喜树sls-like与长春花的SLS亲缘关系最近。
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