本研究通过形态学与分子生物学分析方法，对我国五大湖青虾群体进行了比较研究，分析了沼虾属的系统进化。 运用聚类分析，主成分分析和判别分析三种多元分析方法，采用9项形态比例参数，对我国五大湖青虾群体的形态差异进行了比较。聚类分析表明洪泽湖和巢湖先聚在一起再与太湖群体聚在一起，鄱阳湖群体和洞庭湖群体与其它三湖泊群体趋异程度最大。主成分分析的结果表明，总方差的贡献率分别为主成分1为31.095％，主成分2为23.792％，主成分3为14.030％，主成分4为12.318％，累积贡献率为81.235％。判别分析结果表明，五大湖青虾群体的形态差异显著(P<0.01)，判别准确率P<,1>为81.8％-90.5％，判别准确率P2为72.7％-85.7％，判别效果依次为洪泽湖>鄱阳湖>巢湖>洞庭湖>太湖，综合判别率为86.0％。 采用PCR技术扩增了我国五大淡水湖泊鄱阳湖、洞庭湖、太湖(四个野生群体和一个养殖群体)、巢湖和洪泽湖共9个地理群体的青虾线粒体COI基因，得到长度为大约600bp的碱基片段。PCR产物纯化测序后，经Clustal W同源排序，去除部分端序列得到了578bp的核苷酸片段。在77个个体中检测到51个核苷酸变异位点，26种单倍型。结果表明：9个群体中，鄱阳湖和洞庭湖的青虾群体遗传多样性较高，洪泽湖群体的遗传多样性最低；在太湖5个群体中，长兴养殖群体的遗传多样性则最低。鄱阳湖和洞庭湖是我国极其重要的淡水生物天然种质资源库，要加强保护。另外，还使用MEGA3.1软件计算9个群体青虾之间的遗传距离用NJ法构建了分子系统树。 利用ISSR标记对五大湖青虾群体的遗传多样性进行研究，对PCR反应体系中的Taq DNA聚合酶用量、Mg<2+>浓度、dNTP浓度、模板DNA浓度和引物浓度进行了优化，得出最佳反应体系。利用优化后的条件从40个ISSR引物中筛选出8个引物扩增了48个DNA片段，其中鄱阳湖和洞庭湖群体的多态位点较高。用Popgen 32软件依据扩增结果进行了遗传相似性和遗传距离分析，并构建了分子系统树，结果表明太湖群体和巢湖群体遗传距离最小为0.0690，而洪泽湖群体的趋异程度最大，出现在系统树的最外层。 通过对鄱阳湖，洞庭湖和太湖3个群体青虾线粒体DNA16S rRNA基因片段进行扩增和测定，得到长度为495bp的片段，其碱基A、T、G和C的平均含量分别为28.6％、36.1％、22.7％和12.5％，AT含量明显高于GC含量。通过对16S rRNA基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小，在3个群体中只有5个位点发生转换。另外，利用其454bp的同源序列，以中国明对虾为外群探讨了沼虾属青虾、罗氏沼虾等8种沼虾的系统进化关系。用MEGA 3.1软件中的NJ法构建的分子进化树，青虾3个群体先聚在一起后与海南沼虾聚在一起；另外，罗氏沼虾与马氏沼虾、短腕沼虾与贪食沼虾亲缘关系较近先聚在一起，然后再与大臂沼虾和等齿沼虾聚在一起，最后才与外群中国明对虾聚在一起。