自2004年来连续出台9个“中央一号文件”,都把农业科技创新作为重要建设领域,农业科技创新必然成为农村经济全面发展和农业快速增长的主要原动力。作为公益科研的重要组成部分,公益性农业科研必将不断得到重视与发展,随之公益性农业科研经费投入的绩效评价工作也将不断发展完善。目前专门针对公益性农业科研经费投入的绩效进行评价的研究还不是很成熟,因此,本研究以福建省水稻研究为例,构建详细的公益性农业科研经费投入绩效评价指标体系,有利于丰富公益性农业科研经费投入的绩效评价结果,并找出公益性农业科研经费投入所存在的问题,为提高公益性农业科研经费投入的绩效提出相应的政策建议,具有一定的现实意义。本研究首先对公益性农业科研经费的投入现状与存在的问题进行阐述,包括投入的金额、投入方式和机构投向等,并运用新公共管理理论、受托经济责任学说、成本效益理论和财政资金支出增长理论来分析公益性农业科研经费投入的绩效评价工作；其次,构建了公益性农业科研经费投入的科研绩效评价指标体系、经济绩效评价指标体系和社会绩效评价指标体系；再次以福建省水稻研究为例,将其相应的科研机构作为调查对象,利用收集的数据,分别对公益性农业科研经费投入所产生的经济绩效、科研绩效和社会绩效进行定量化评价；最后,提出优化公益性农业科研经费投入绩效的政策建议。