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猪瘟(Classical Swine Fever，CSF)是由黄病毒科瘟病毒属的猪瘟病毒(Classical Swine Fever virus，CSFV)引起的高度接触性、出血性猪传染病。在CSFV的全基因组中，E2基因所具有中等程度的变异性为CSFV遗传多样性分析提供了有效手段，对E2基因变异的分析是目前国际上最认可的用于CSFV系统进化分析的靶序列。本研究即通过对广东省不同CSFV毒株E2基因的测定和比较，分析广东省流行毒株的遗传变异，进而了解广东省CSFV流行毒株的分子流行病学规律，为CSF的防制提供必要的分子流行病学基础。
本研究以广东地区部分猪场所采集的疑似CSF感染病猪的扁桃体、淋巴结、脾脏为研究对象，采用RT-PCR方法扩增CSFV的5’端非编码区，结合限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism，RFLP)分析方法对广东地区CSFV的分子流行病学进行了初步研究，区分鉴别弱毒疫苗与野毒，研究了广东地区毒株的遗传多样性。本研究共检测病料数80份，结果有29份为阳性，阳性率高达36.25％。选取来自不同地区的10份阳性病料作为研究对象，参照GenBank中已发表的E2基因序列，利用Primer5.0软件，参考设计合成一对包含E2部分序列的特异性引物C1/C2。通过RT-PCR方法扩增，得到大小为659bp的基因片段。将PCR产物纯化后克隆到pMD18-T Simple Vector中，菌液PCR鉴定后进行序列测定，应用DNASTAR分析软件与GenBank上已发表的其它毒株序列进行核苷酸及其推导的氨基酸序列同源性分析。序列分析表明所获得的10个E2基因核苷酸相似性为93.2％～99.1％，与shimen株和HCLV株的核苷酸相似性分别为81.3％～85.0％、81.0％～84.7％；10个E2基因推导编码的氨基酸序列之间的相似性为84.9％～99.2％；与shimen株和HCLV株的氨基酸相似性分别为83.6％～90.0％、82.2％～88.6％。参考国内外已经发表的E2基因序列，采用分子生物学软件DNAStar绘制了CSFV的遗传发育演化关系图。根据E2基因序列遗传演化分析结果表明CSFV可分为2个群，我国目前流行的CSFV毒株与Alfort株同属于G2群，与shimen株、HCLV株差异较大。
本研究建立了简便、快捷、一步法的环介导逆转录等温扩增技术(RT—LAMP)快速检测猪瘟病毒的方法。建立的RT—LAMP在敏感性方面检测灵敏度为10-5，总RNA的检测阈值约为1pg。而RT-PCR检测灵敏度为10-3，总RNA的检测阈值约为100pg。在特异性方面，采用本研究建立的RT—LAMP/LAMP方法检测蓝耳病病毒、伪狂犬病毒、圆环病毒等病毒核酸均为阴性，而对猪瘟病毒检测阳性。本研究建立了四种结果判定方法，通过电泳检测、沉淀检测、染色检测、酶切鉴定等进行结果判定，提高CSFV检测的准确性及其效率，缩短检测时间，降低检测成本，为该方法在CSFV快速检验的开发应用奠定基础。