自然资源是人类赖以生存和发展的物质基础。我国长期以来的粗放型经济增长方式造成了一系列的环境问题。因此党的十八届三中全会提出“对领导干部实行自然资源资产离任审计,建立生态环境损害责任终身追究制”。2015年以来全国各地区陆续开展自然资源自然资产离任审计试点工作。试点工作在组织审计队伍、创新审计方式方法、关注重点审计内容和探索编制自然资源资产负债表等方面都取得一定的成效。但我国自然资源资产审计方面依然存在以下问题:法律法规不健全,审计依据集中体现在中办、国办等印发的政策性文件里;受自然资源本身的客观条件、审计技术和审计能力的限制,自然资源资产的底数难以摸清;自然资源分布不均匀,各地区评价指标不统一不完善,影响审计结果的公正性;审计结果运用不充分,对被审计的领导干部极少问责。论文以实证分析和价值分析相结合的方法,对自然资源资产离任审计制度的基本法律关系进行分析,然后以完善自然资源资产审计制度为立脚点,从以下四个方面提出建议:一是健全自然资源和审计方面的法律依据;二是创新审计方式方法提高审计质量和效率;三是构建审计评价指标体系,加大审计结果运用力度;四是科学界定领导干部的法律责任,建立生态责任终身追究制。