铁皮石斛(DendrobiumofficinaleKimuraetMigo)是我国兰科(Orchidaceae)石斛属(Dendrobium)的珍稀濒危特有种,为中国植物红皮书和中国物种红色名录中的“极危”种,具有“养阴生津、润喉护嗓、温胃明目、补肾益力、延年益寿”等功效。　　 本研究对17种石斛属植物的叶绿体基因组trnT-L非编码区进行了测定,利用分子进化遗传分析软件MEGA4.0对测得的序列及GenBank上已经发表的2种石斛的trnT-L区进行了比较分析。19种石斛样品(不包括外类群)的变异位点216个,简约信息位点93个,特异位点118个,转换与颠换之比为0.35。以Kimura-2参数计算遗传距离,19种石斛种间遗传距离为0.001-0.166。不同石斛种间均存在序列差异,可以把trnT-L与rDNAITS序列相结合作为铁皮石斛DNA条形码的一种补充,应用于鉴别研究。　　 本研究还运用磁珠富集法对铁皮石斛的微卫星进行了开发。共成功开发出80条微卫星序列,并对其中的25条设计了微卫星引物。经过聚丙烯酰胺凝胶检测共开发出15条具有多态性的三核苷酸重复单元的微卫星序列。对永嘉居群和福武居群的40个样本进行了多态性分析,结果显示永嘉居群单个位点的等位基因数从3到8不等,福武居群单个位点的等位基因数从3到9。利用POPGENE32,计算出永嘉居群期望杂合度从0.629到0.846平均值为0.757,福武居群的从0.646到0.848平均值为0.800。2个居群共有4个位点偏离哈温平衡,均无连锁不平衡现象。本研究为铁皮石斛遗传多样性和遗传结构的分析奠定了基础。