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二磷酸腺苷葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)是玉米淀粉合成通路中的限速酶,其功能与玉米淀粉合成密切相关。本研究以玉米自交系B73的AGPase基因序列为模版,对来源广泛的96份玉米自交系(包括5大骨干亲本及其衍生系、野生及糯玉米自交系)的4个AGPase的同工型基因进行高通量测序,抽提出单核苷酸多态性(SNP)和插入／缺失(InDel)位点,同时,对RVA糊化特性(峰值黏度、谷值黏度、终值黏度、崩解值、回复值、糊化时间和糊化温度)和淀粉热力学特性(糊化起始温度、峰值温度、终值温度、热焓值)进行测定,利用候选基因关联分析筛选出与淀粉品质性状相关的优异等位变异,为分子设计育种提供参考。分析结果如下：1、方差分析结果表明,83份普通玉米自交系和13份糯玉米自交系的各项RVA糊化特征参数和凝胶特征参数之间,差异均达到极显著水平。普通玉米自交系中,崩解值的变异系数最大,终值温度最小；糯玉米自交系中,回复值的变异系数最大,起始温度则最小。籽粒淀粉品质性状间的相关性分析发现,普通玉米和糯玉米自交系在淀粉糊化特性和凝胶特性之间存在一定的相关关系,但这两种玉米自交系在品质性状特征参数上存在一定的差异性。2、对AGPase基因序列多态性的分析结果表明,在96份玉米自交系的4个AGPase同工型基因序列中,共发现了462个SNPs和131个InDel位点,核苷酸多态性(π)的范围在0.00462-0.00638之间。根据玉米AGPL1、AGPL2和AGPS1α-1基因的全长序列及AGPS2基因部分序列的变异位点,可分别将96份玉米自交系划分成23、22、30和21个单倍型。具体数据如下：(1) AGPL1基因在96份玉米自交系中共检测到205个SNP变异(平均每43.36bp一个)和48个Indel(平均每185.19bp一个),在52个多态性位点间存在较高程度的连锁不平衡；(2)AGPL2基因在96份玉米白交系中共检测到82个SNP变异(平均每45.99bp一个)和26个Indel(平均每145.04bp一个),在21个多态性位点间存在较高程度的连锁不平衡；(3)AGPS1α-1基因在96份玉米自交系中共检测到97个SNP变异(平均每57.41bp一个)和22个Indel(平均每253.14bp一个),在41个多态性位点间存在较高程度的连锁不平衡；(4) AGPS2基因在96份玉米自交系中共检测到78个SNP变异(平均每60.28bp一个)和35个Indel(平均每134.34bp一个),在54个多态性位点间存在较高程度的连锁不平衡。3、基于候选基因的关联分析发现AGPL1、AGPL2、AGPS1α-1和AGPS2基因的部分SNPs和Indel与淀粉品质有关(P<0.05),共检测到23个与淀粉品质性状相关的位点：AGPL1基因中有8个多态性位点与谷值黏度、崩解值、糊化时间、热焓值和终值温度等存在显著关联,解释了6.38%-16.62%的表型变异,其中位点6665(D3:CAA)对糊化时间的贡献率最大,达16.62%；AGPL2基因上筛选出与终值温度存在显著关联的4个变异位点,位点190(17：TCCACTG)的贡献率最大,为12.51%,位点1708(T/C)的贡献率最小,只有6.75%；AGPS1α-1基因中共检测出5个与峰值粘度、崩解值、回复值、峰值温度和起始温度关联显著的变异位点,解释的表型变异范围在5.61%～8.09%之间,位点36(G/A)对回复值的贡献率相对较大,为8.09%；AGPS2基因有6个多态性位点与峰值粘度、谷值黏度、糊化时间、糊化温度和热焓值的关联达到显著或极显著水平,解释的表型变异范围为4.99%～20.42%,位点1025(D1：C)对糊化时间的位点贡献率最大,高达20.42%。